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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】VASP脚本程序怎么运行？
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longchang

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VASP脚本程序怎么运行？

刚学VASP，对其还不是很熟悉；现在正在试着运行脚本文件（按侯老师的例子），准备好INCAR、KPOINTS、POTCAR文件后，应该准备POSCAR文件，那脚本程序run_a0怎样运行？脚本run_a0为：
#！/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat >POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Direct
0.0 0.0 0.0
!
echo "a =$i angstrom";time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘
V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘
echo $V  $E >>EtVo.dat
done
VASP运行需四个文件，这里难道用run_a0替代POSCAR文件？但那样的话VASP运行不了，但又不能单独运行脚本程序（出不了结果），到底该怎麽办？哪位能告诉我具体的运行步骤？谢谢！

[ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 09:01 ]
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1楼2009-05-09 10:46:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tjpm

金虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):thank you very much! 5-10 18:41
其实shell脚本很简单的，有C语言基础随便看看就会了，当然还需要熟悉常用的linux命令。
简单写个注释吧
＝＝＝＝
#！/bin/sh ＃每种shell脚本开头需要指定起类型，比如unix下原始的就是sh,linux都标配bash了， Solaris也是用bash了。功能上现在似乎zsh比较好，目前我是把zsh做默认shell.
rm WAVECAR  
删除WAVECAR，其实这里有点不好，因为很多系统默认把rm 替换为rm -i
也就是说你要删除这个文件时会跳出一个提示问是否要删除。建议改为 rm  WAVECAR -rf
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
这个sh/bash下典型的for循环，就是让i逐次取后面的值
cat >POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Direct
0.0 0.0 0.0
!
这个就是利用管道创建文件POSCAR，两个“！”分别标识开头和结尾。
echo "a =$i angstrom";time vasp
屏幕输出 a的值，并运行vasp, time命令加在前面就是计算其运行时间。
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘
搜索包含"TOTEN"的所有行，利用tail -1取最后一行，然后格式化输出第5个字符段。
V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘
这个同上
echo $V  $E >>EtVo.dat
把V，E的值添加到EtVo.dat
done
表示结束for循环。

其实这些工具脚本都很简单的，关键还是要明白输出文件，然后就可以自己写一些适合自己用的。
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4楼2009-05-09 20:20:29
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405963512

铜虫 (正式写手)
★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流！ 5-10 18:41
我觉得他问的没这么难吧，那个脚本程序是做晶格常数测试的，看取的这些a值那个能量最低，那么这个a所对应的值作为标准的晶格常数，带入 到poscar，进行后续的计算。这是他的作用
至于运行方法，chmod +x 文件名；这个命令吧你的shell变成可执行程序，然后敲入这个文件名，就可运行
我很笨，是弄了一周才弄明白的，虽不是什么大问题，和大家分享！
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6楼2009-05-09 21:13:11
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含草

金虫 (小有名气)
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 5-10 18:41
运行脚本文件之后,文件里面根本就没有数据,这是什么原因?谢谢
./opt.sh: line 14: echoa=3.70 angstrom: command not found
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.4.6.31 08Feb07 complex
POSCAR found :  0 types and    0 ions
p0_31941:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11

real    0m0.022s
user    0m0.019s
sys     0m0.003s
./opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"'
./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file
./opt.sh: line 14: echoa=3.80 angstrom: command not found
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.4.6.31 08Feb07 complex
POSCAR found :  0 types and    0 ions
p0_31949:  p4_error: interrupt SIGSEGV: 11

real    0m0.022s
user    0m0.019s
sys     0m0.003s
./opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"'
./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file
./opt.sh: line 14: echoa=3.90 angstrom: command not found
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.4.6.31 08Feb07 complex
POSCAR found :  0 types and    0 ions
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8楼2009-05-09 21:57:57
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sars518

木虫 (著名写手)

小木虫灌水大队队长
★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! ^_^ 期待你的更多精彩回答！ 5-12 10:11
!
echo "a =$i angstrom";time vasp


改成

!
vasp
echo "a =$i angstrom"

[ Last edited by sars518 on 2009-5-11 at 21:48 ]
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人生是一场旅行，在欣赏风景的同时，别忘了你也是别人的风景。
13楼2009-05-11 21:43:03
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普通回帖

emily6526

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+4,VIP+0):鼓励交流！ 5-9 17:10
可以自己写一个POSCAR，把$i换成一个具体的数。
Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Direct
0.0 0.0 0.0
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2楼2009-05-09 10:54:49
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sars518

木虫 (著名写手)

小木虫灌水大队队长
★ ★
fegg7502(金币+2,VIP+0):鼓励交流！ 5-9 17:10
其实这个脚本的作用就是 改变 缩放系数  写POSCAR
赞一下(10人) 回复此楼
人生是一场旅行，在欣赏风景的同时，别忘了你也是别人的风景。
3楼2009-05-09 16:06:30
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含草

金虫 (小有名气)
学习了很多
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5楼2009-05-09 20:30:43
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tjpm

金虫 (正式写手)
★ ★
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流！ 5-10 18:41
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q! ^_^ 期待你的更多精彩回答！ 5-12 10:10
恩
./run_a0就可以了
引用回帖:
Originally posted by 405963512 at 2009-5-9 21:13:
我觉得他问的没这么难吧，那个脚本程序是做晶格常数测试的，看取的这些a值那个能量最低，那么这个a所对应的值作为标准的晶格常数，带入 到poscar，进行后续的计算。这是他的作用
至于运行方法，chmod +x 文件名； ...

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7楼2009-05-09 21:35:27
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tjpm

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):鼓励交流！ 5-10 18:41
你的脚本有问题。
1、./opt.sh: line 14: echoa=3.70 angstrom: command not found
是echo "a=$a angstrom",你少了空格。
2、/opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"'
./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file
用cat创建文件时，重定向符“<<”后 前后截断字符要相同。
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9楼2009-05-10 00:14:04
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longchang

金虫 (小有名气)
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
a =3.80 angstrom
bash: vasp: command not found

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
bash: TOTEN: command not found
awk: cmd. line:1:
awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression
a =3.85 angstrom
bash: vasp: command not found

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
bash: TOTEN: command not found
awk: cmd. line:1:
awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression
a =3.90 angstrom
bash: vasp: command not found

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
bash: TOTEN: command not found
awk: cmd. line:1:
awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression
a =3.95 angstrom
bash: vasp: command not found
real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
bash: TOTEN: command not found
awk: cmd. line:1:
awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression
a =4.00 angstrom
bash: vasp: command not found

real    0m0.001s
user    0m0.001s
sys     0m0.000s
bash: TOTEN: command not found
.............
...............
...............
是怎么回事？难道VASP运行脚本需要”特殊“代码？
赞一下 回复此楼
10楼2009-05-10 21:14:13
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