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【求助】VASP脚本程序怎么运行？
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刚学VASP，对其还不是很熟悉；现在正在试着运行脚本文件（按侯老师的例子），准备好INCAR、KPOINTS、POTCAR文件后，应该准备POSCAR文件，那脚本程序run_a0怎样运行？脚本run_a0为： #！/bin/sh rm WAVECAR for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 do cat >POSCAR < Al-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 Direct 0.0 0.0 0.0 ! echo "a =$i angstrom";time vasp E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘ V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘ echo $V $E >>EtVo.dat done VASP运行需四个文件，这里难道用run_a0替代POSCAR文件？但那样的话VASP运行不了，但又不能单独运行脚本程序（出不了结果），到底该怎麽办？哪位能告诉我具体的运行步骤？谢谢！ [ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 09:01 ] |
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 Photochemistry | 计算-vasp |
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其实shell脚本很简单的，有C语言基础随便看看就会了，当然还需要熟悉常用的linux命令。 简单写个注释吧 ＝＝＝＝ #！/bin/sh ＃每种shell脚本开头需要指定起类型，比如unix下原始的就是sh,linux都标配bash了， Solaris也是用bash了。功能上现在似乎zsh比较好，目前我是把zsh做默认shell. rm WAVECAR 删除WAVECAR，其实这里有点不好，因为很多系统默认把rm 替换为rm -i 也就是说你要删除这个文件时会跳出一个提示问是否要删除。建议改为 rm WAVECAR -rf for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 do 这个sh/bash下典型的for循环，就是让i逐次取后面的值 cat >POSCAR < Al-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 Direct 0.0 0.0 0.0 ! 这个就是利用管道创建文件POSCAR，两个“！”分别标识开头和结尾。 echo "a =$i angstrom";time vasp 屏幕输出 a的值，并运行vasp, time命令加在前面就是计算其运行时间。 E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘ 搜索包含"TOTEN"的所有行，利用tail -1取最后一行，然后格式化输出第5个字符段。 V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘ 这个同上 echo $V $E >>EtVo.dat 把V，E的值添加到EtVo.dat done 表示结束for循环。 其实这些工具脚本都很简单的，关键还是要明白输出文件，然后就可以自己写一些适合自己用的。 |
4楼2009-05-09 20:20:29
6楼2009-05-09 21:13:11
含草
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运行脚本文件之后,文件里面根本就没有数据,这是什么原因?谢谢 ./opt.sh: line 14: echoa=3.70 angstrom: command not found running on 1 nodes distr: one band on 1 nodes, 1 groups vasp.4.6.31 08Feb07 complex POSCAR found : 0 types and 0 ions p0_31941: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 real 0m0.022s user 0m0.019s sys 0m0.003s ./opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"' ./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file ./opt.sh: line 14: echoa=3.80 angstrom: command not found running on 1 nodes distr: one band on 1 nodes, 1 groups vasp.4.6.31 08Feb07 complex POSCAR found : 0 types and 0 ions p0_31949: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 real 0m0.022s user 0m0.019s sys 0m0.003s ./opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"' ./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file ./opt.sh: line 14: echoa=3.90 angstrom: command not found running on 1 nodes distr: one band on 1 nodes, 1 groups vasp.4.6.31 08Feb07 complex POSCAR found : 0 types and 0 ions |
8楼2009-05-09 21:57:57
sars518
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你的脚本有问题。 1、./opt.sh: line 14: echoa=3.70 angstrom: command not found 是echo "a=$a angstrom",你少了空格。 2、/opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"' ./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file 用cat创建文件时，重定向符“<<”后 前后截断字符要相同。 |
9楼2009-05-10 00:14:04
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rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory a =3.80 angstrom bash: vasp: command not found real 0m0.001s user 0m0.000s sys 0m0.000s bash: TOTEN: command not found awk: cmd. line:1: awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression a =3.85 angstrom bash: vasp: command not found real 0m0.001s user 0m0.000s sys 0m0.000s bash: TOTEN: command not found awk: cmd. line:1: awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression a =3.90 angstrom bash: vasp: command not found real 0m0.001s user 0m0.000s sys 0m0.000s bash: TOTEN: command not found awk: cmd. line:1: awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression a =3.95 angstrom bash: vasp: command not found real 0m0.001s user 0m0.000s sys 0m0.000s bash: TOTEN: command not found awk: cmd. line:1: awk: cmd. line:1: ^ invalid char '�' in expression a =4.00 angstrom bash: vasp: command not found real 0m0.001s user 0m0.001s sys 0m0.000s bash: TOTEN: command not found ............. ............... ............... 是怎么回事？难道VASP运行脚本需要”特殊“代码？ |
10楼2009-05-10 21:14:13
