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liuning9331

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教:用gromacs做PCA分析的结果为什么本证值很小呢?

这是一个我在网上找到的一个用gromacs计算PCA的简单教程http://www.mpibpc.mpg.de/groups/ ... _2004/p6/index.html
我按照它上面的做了一下,发现我的extreme1.pdb结果变化很小,而看网上给的那个图的变化挺大的,不知道是什么原因。
并且我在对我自己的体系计算的时候也是这种情况,个人感觉gromacs计算的本证值很小,不知道是什么原因?
请明人指教一下
非常感谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 22:00 ]
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-23 13:46
我不知道你说的是什么情况。但是有一点需要说明的,使用GROMACS计算主值的时候的单位是nm^2,但是其他的一些软件计算,如wordom,pcazip使用的都是A^2的单位。在就是GROMACS的主值是有质量的加权的。其他的软件计算结果不一定有。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2009-09-23 12:40:27
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