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zhangya金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】请问如何从一个大的sdf文件中提取出某一分子量的化合物
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sdf是标准的坐标文件，可以用ChemFileBrowser查看分子量，但是无法批量提取出如202这一特定的分子量的分子，请问是否有办法快速、批量提取出202这一分子量的化合物坐标，形成一个新的sdf文件？谢谢。sdf的文件格式如下： 1 -OEChem-01210914283D 31 30 0 1 0 0 0 0 0999 V2000 -1.4148 -2.6170 3.2592 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.5096 -0.9050 6.4323 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3595 -1.4625 5.9048 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.9982 -3.1644 1.6687 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.3041 -0.3323 2.0893 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5225 -0.3990 3.3654 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.7810 -1.2404 3.1607 C 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.5567 0.4953 2.3388 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7016 -1.7398 1.6684 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5191 0.3141 0.9846 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.8962 -0.9284 4.1603 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.5450 -1.1213 5.6425 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.1093 -3.4705 2.4518 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.6205 -4.8718 2.6605 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1416 -0.8148 4.1302 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7737 0.6346 3.6314 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2263 -1.0347 2.1859 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2510 1.5007 2.6431 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.1373 0.0137 3.1312 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.1397 0.5387 1.4140 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.1444 -2.2475 1.2043 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4899 -1.6507 0.9130 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0923 -2.2785 2.5364 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.2564 -0.3867 0.5875 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9940 1.2176 1.3782 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1634 0.5820 0.1710 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.2251 0.1097 4.0284 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.7582 -1.5765 3.9571 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5610 -4.9370 2.4004 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.1810 -5.5518 2.0126 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.7813 -5.1691 3.6998 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 1 0 0 0 0 1 13 1 0 0 0 0 2 12 1 0 0 0 0 3 12 2 0 0 0 0 4 13 2 0 0 0 0 5 6 1 0 0 0 0 5 8 1 0 0 0 0 5 9 1 0 0 0 0 5 10 1 0 0 0 0 6 7 1 0 0 0 0 6 15 1 0 0 0 0 6 16 1 0 0 0 0 7 11 1 0 0 0 0 7 17 1 0 0 0 0 8 18 1 0 0 0 0 8 19 1 0 0 0 0 8 20 1 0 0 0 0 9 21 1 0 0 0 0 9 22 1 0 0 0 0 9 23 1 0 0 0 0 10 24 1 0 0 0 0 10 25 1 0 0 0 0 10 26 1 0 0 0 0 11 12 1 0 0 0 0 11 27 1 0 0 0 0 11 28 1 0 0 0 0 13 14 1 0 0 0 0 14 29 1 0 0 0 0 14 30 1 0 0 0 0 14 31 1 0 0 0 0 M CHG 2 2 -1 5 1 M END > 1 > 0.6 > -0.43 -0.57 -0.9 -0.9 -1.01 0.28 0.5 -0.11 0.5 0.5 0.5 0.06 0.66 0.91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > 6 > 14 > 0 > 1 > 0 > 0 > 0 > 1 > 1 > 0000000100000002 > 37.8008 > 4.31 3.06 1.22 -0.34 -0.54 -0.52 1.14 0.75 0.94 0.76 0.36 5.32 -10.36 > 164 $$$$ 2 -OEChem-01210914283D 32 31 0 1 0 0 0 0 0999 V2000 2.8035 -1.8985 0.4138 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2190 0.7647 2.2550 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.3706 0.0407 2.3730 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.6525 -0.7893 -1.4262 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7455 -3.9237 0.6386 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5176 -2.4817 0.9138 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4480 -1.6394 0.0460 C 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2045 -4.3068 0.9199 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.1568 -4.7948 1.5226 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4391 -4.2524 -0.8285 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.1847 -0.1515 0.2751 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3421 0.2123 1.7318 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.7458 -1.1903 -0.2740 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.9428 -0.9643 0.5990 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5353 -2.2567 0.7059 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.7068 -2.3331 1.9834 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3084 -1.8371 -1.0210 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8373 -4.0778 0.0593 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.5291 -3.8407 1.8549 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2387 -5.3952 1.0461 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.1966 -4.5246 1.3163 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0197 -5.8472 1.2816 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.0937 -4.5921 2.5680 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.5505 -3.8552 -1.0722 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2085 -3.8324 -1.4800 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4442 -5.3417 -0.9388 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1599 0.0831 -0.0392 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.8384 0.5129 -0.2976 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.1001 -1.8209 1.2606 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.8075 -0.0541 1.1863 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.8316 -0.8656 -0.0307 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.3336 1.0011 3.2001 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 1 0 0 0 0 1 13 1 0 0 0 0 2 12 1 0 0 0 0 2 32 1 0 0 0 0 3 12 2 0 0 0 0 4 13 2 0 0 0 0 5 6 1 0 0 0 0 5 8 1 0 0 0 0 5 9 1 0 0 0 0 5 10 1 0 0 0 0 6 7 1 0 0 0 0 6 15 1 0 0 0 0 6 16 1 0 0 0 0 7 11 1 0 0 0 0 7 17 1 0 0 0 0 8 18 1 0 0 0 0 8 19 1 0 0 0 0 8 20 1 0 0 0 0 9 21 1 0 0 0 0 9 22 1 0 0 0 0 9 23 1 0 0 0 0 10 24 1 0 0 0 0 10 25 1 0 0 0 0 10 26 1 0 0 0 0 11 12 1 0 0 0 0 11 27 1 0 0 0 0 11 28 1 0 0 0 0 13 14 1 0 0 0 0 14 29 1 0 0 0 0 14 30 1 0 0 0 0 14 31 1 0 0 0 0 M CHG 1 5 1 M END > 2 > 0.6 > -0.43 -0.65 -0.57 -0.57 -1.01 0.28 0.5 0.06 0.5 0.5 0.5 0.06 0.66 0.66 0.5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > 6 > 14 > 0 > 1 > 0 > 0 > 0 > 1 > 1 > 0000000200000002 > 44.1093 > 4.35 2.66 1.24 1.01 0.25 -0.75 1.2 -0.73 -1.21 -1.13 -0.49 9.04 -1.08 > 163 $$$$ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:37 ] |
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