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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学-蛋白-底物晶体复合物与分子对接的关系
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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)

[交流] 分子动力学-蛋白-底物晶体复合物与分子对接的关系

最近在研究Gromacs 计算酶反应动力学，看文献有些迷茫，在建模时，有些直接用蛋白-底物结晶PDB文件，有些既要用PDB文件，又要分子对接，有些没有晶体数据，直接搜索同源性>30%的蛋白晶体，然后建模。不明白，既然有了蛋白-底物结晶PDB文件，为什么还要做分子对接？
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1楼 2019-02-11 19:55:53
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xzhfood

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yffy8962 at 2019-02-14 18:29:53
看你具体要求呀，别人的蛋白不是你的配体，当然先对接然后MD了

已结找到答案了。
酶催化机理研究的出发点是一个合理的酶－底物复合物结构，但在实际情况中，实验上得到的晶体结构通常不含底物，或者只含有底物类似物。在无底物的情况下就需要通过对接找出酶与底物结合的最佳构象，并以此为基础进行机理研究。
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3楼2019-02-14 19:41:24
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yffy8962

禁言 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
xzhfood: 金币+2 2019-02-14 19:39:39
本帖内容被屏蔽
2楼2019-02-14 18:29:53
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