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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于同源臂
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Cherishqj

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于同源臂 已有2人参与

本人在学习基因敲除的相关知识，看到论文中提到了同源臂，请问同源臂是根据什么序列设计引物来合成的，举个例子，待敲除基因为ATGCTTACCATGCCGGACGTCATCGTCAAAAATCAGAGCGAGCTTGATGC·············TACCGCATGGAATTGTTGCACCACGTCTGA，是根据粗体部分设计引物还是需要知道待敲除基因两侧的序列才能设计
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1楼 2019-02-09 15:21:35
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Eternity宇

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:30:09
本帖内容被屏蔽
2楼2019-02-09 16:29:42
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Cherishqj

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Eternity宇 at 2019-02-09 16:29:42
很多，比如Takara的In-fusion酶界面上就有在线的设计工具

谢谢您的回复，请问同源臂在靶基因前后之外的区域吗
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3楼2019-02-09 19:14:32
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Eternity宇

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2019-02-09 22:23:00
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Cherishqj

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Eternity宇 at 2019-02-09 22:23:00
其实就是两侧的序列
...

也就是说同源臂并不是待敲除基因的一部分，而是其前侧和后侧的一段对吗？我看了一篇中文文献，在这个截图里ATG和TAA是待敲除基因的起始密码子和终止密码子，而划线部分是同源臂，这是为什么呢，同源臂的设计到底能不能和待敲除基因重叠呢？
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5楼2019-02-10 12:25:18
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Cherishqj

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Eternity宇 at 2019-02-09 22:23:00
其实就是两侧的序列
...

抱歉，我不知道怎么插入图片了
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6楼2019-02-10 12:27:13
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lizimu566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:30:33
我们一般都是起始密码子上游60bp，终止密码子下游60bp，不含密码子
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7楼2019-02-12 16:15:00
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Cherishqj

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lizimu566 at 2019-02-12 16:15:00
我们一般都是起始密码子上游60bp，终止密码子下游60bp，不含密码子

这么短吗？你们是不是敲大肠杆菌的某个基因，我看到有些文献的同源臂有500-600bp（非大肠杆菌），我的目的菌株不是大肠杆菌，准备用Red同源重组
赞一下 回复此楼
8楼2019-03-04 21:46:47
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lizimu566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Cherishqj at 2019-03-04 21:46:47
这么短吗？你们是不是敲大肠杆菌的某个基因，我看到有些文献的同源臂有500-600bp（非大肠杆菌），我的目的菌株不是大肠杆菌，准备用Red同源重组...

我们是大肠杆菌

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9楼2019-03-05 08:51:49
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