24小时热门版块排行榜    

查看: 3631  |  回复: 6

MJBZ

木虫 (著名写手)

[求助] 得到的DNA测序结果有一个碱基有错应该怎样分析 已有3人参与

上课时,老师出了个题,一个DNA测序文件,在第77位机器测定为C,但是下面的峰可以认为是G,根据学到的一点皮毛,我把C碱基翻译成蛋白质,把G碱基的翻译成蛋白质,用DNAstar软件分析序列,发现这一个碱基变化,导致翻译成 两个氨基酸残基,一个组氨酸一个苏氨酸好像(记不清了),我的后面的想法是,把这两个碱基有变化的肽链看一看改变的氨基酸位置是在可变域还是固定域,用NCBI的BLAST数据库找不同种的生物的同源蛋白,再分析这个单碱基造成的氨基酸改变是不是致死突变,其他生物的类似蛋白在这个位置有没有突变。
我能想到的就是这些,我想问问各位大佬,你们遇到这种情况,是让公司重测,还是自己分析这个突变要不要紧,还有分析思考的流程,谢谢。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙猫测

木虫 (文坛精英)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议让测试公司重新测试,通过分析解决不了

发自小木虫Android客户端
2楼2019-02-07 08:15:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MJBZ

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 龙猫测 at 2019-02-07 01:15:50
建议让测试公司重新测试,通过分析解决不了

为啥不能通过一定的有逻辑的思考和方法解决,愿闻其详
3楼2019-02-07 18:42:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十点零

新虫 (小有名气)


drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2019-02-11 14:41:47
这个需要看测序的峰图,一般来说,前后一百bp左右的测序结果不是特别准确的,而且出现一个bp的碱基不同也是很正常的,同一物种之间也有很多差异位点,可以重新做一个克隆来看,也可以保留现在的结果直接用

发自小木虫Android客户端
4楼2019-02-09 11:41:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

MJBZ

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十点零 at 2019-02-09 04:41:25
这个需要看测序的峰图,一般来说,前后一百bp左右的测序结果不是特别准确的,而且出现一个bp的碱基不同也是很正常的,同一物种之间也有很多差异位点,可以重新做一个克隆来看,也可以保留现在的结果直接用
...

我们的 思考题  就是 怎样确定这 一个 碱基的 差异,不会影响后续的 实验和结果。老师让自己想
5楼2019-02-10 20:10:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a13515517892

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
MJBZ(渊博震天代发): 金币+2, 鼓励积极回帖 2019-03-19 10:24:11
建议先和测序公司咨询,他们可以告诉你到底是G还是C,如果确认不了,再重测一下,如果是对的,这些分析完全没必要了
6楼2019-02-15 14:52:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cyhm082

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
MJBZ(渊博震天代发): 金币+2, 鼓励积极回帖 2019-03-19 10:24:21
假如通过峰图可以确定是G碱基,而机器判读为C碱基,应该是仪器判读错误导致的,这种需要咨询测序公司,然后最好重测验证下,你做后续的蛋白分析是没有必要的,应该是测序这一步的问题。
7楼2019-02-15 15:32:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 MJBZ 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:39 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 01:15 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 E4V9bALS54sj 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:51 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:15 by 9i7PCSZyMzot
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 3/150 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-20 00:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:51 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:39 by 9i7PCSZyMzot
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:27 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-19 4/200 2026-09-19 23:03 by 9i7PCSZyMzot
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 4pRyVGCVerAA 2026-09-18 7/350 2026-09-19 21:03 by 9i7PCSZyMzot
[基金申请] 国社科系统bug了,是不是要放榜了? +7 kynobel 2026-09-16 9/450 2026-09-19 14:52 by 接好运婷
[考博] 申博发邮件 +8 Lmengk 2026-09-15 9/450 2026-09-19 09:27 by 中间体超市
[有机交流] 各位大神,目前国内有哪些比较好用的逆合成软件? 20+3 zapen 2026-09-15 9/450 2026-09-18 18:17 by zapen
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组|2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
信息提示
请填处理意见