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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 得到的DNA测序结果有一个碱基有错应该怎样分析
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MJBZ

木虫 (著名写手)

[求助] 得到的DNA测序结果有一个碱基有错应该怎样分析 已有3人参与

上课时，老师出了个题，一个DNA测序文件，在第77位机器测定为C，但是下面的峰可以认为是G，根据学到的一点皮毛，我把C碱基翻译成蛋白质，把G碱基的翻译成蛋白质，用DNAstar软件分析序列，发现这一个碱基变化，导致翻译成 两个氨基酸残基，一个组氨酸一个苏氨酸好像（记不清了），我的后面的想法是，把这两个碱基有变化的肽链看一看改变的氨基酸位置是在可变域还是固定域，用NCBI的BLAST数据库找不同种的生物的同源蛋白，再分析这个单碱基造成的氨基酸改变是不是致死突变，其他生物的类似蛋白在这个位置有没有突变。
我能想到的就是这些，我想问问各位大佬，你们遇到这种情况，是让公司重测，还是自己分析这个突变要不要紧，还有分析思考的流程，谢谢。
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1楼 2019-02-06 22:58:31
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龙猫测

木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议让测试公司重新测试，通过分析解决不了

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2楼2019-02-07 08:15:50
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MJBZ

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 龙猫测 at 2019-02-07 01:15:50
建议让测试公司重新测试，通过分析解决不了

为啥不能通过一定的有逻辑的思考和方法解决，愿闻其详
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3楼2019-02-07 18:42:18
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十点零

新虫 (小有名气)
★
drwhoknowss: 金币+1, 鼓励交流 2019-02-11 14:41:47
这个需要看测序的峰图，一般来说，前后一百bp左右的测序结果不是特别准确的，而且出现一个bp的碱基不同也是很正常的，同一物种之间也有很多差异位点，可以重新做一个克隆来看，也可以保留现在的结果直接用

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4楼2019-02-09 11:41:25
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MJBZ

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 十点零 at 2019-02-09 04:41:25
这个需要看测序的峰图，一般来说，前后一百bp左右的测序结果不是特别准确的，而且出现一个bp的碱基不同也是很正常的，同一物种之间也有很多差异位点，可以重新做一个克隆来看，也可以保留现在的结果直接用
...

我们的 思考题  就是 怎样确定这 一个 碱基的 差异，不会影响后续的 实验和结果。老师让自己想
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5楼2019-02-10 20:10:44
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a13515517892

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
MJBZ(渊博震天代发): 金币+2, 鼓励积极回帖 2019-03-19 10:24:11
建议先和测序公司咨询，他们可以告诉你到底是G还是C，如果确认不了，再重测一下，如果是对的，这些分析完全没必要了
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6楼2019-02-15 14:52:33
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cyhm082

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
MJBZ(渊博震天代发): 金币+2, 鼓励积极回帖 2019-03-19 10:24:21
假如通过峰图可以确定是G碱基，而机器判读为C碱基，应该是仪器判读错误导致的，这种需要咨询测序公司，然后最好重测验证下，你做后续的蛋白分析是没有必要的，应该是测序这一步的问题。
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7楼2019-02-15 15:32:49
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