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skyerzj

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[交流] 【求助】20金币求助过渡态TS2输入问题

我自己写的TS2总是一运行就出错，麻烦哪位高手帮我看看，谢谢！

%chk=ph-no2
#B3LYP/6-31G opt(TS2,noeigen,calcfc)  iop(1/8=1,5/13=1)

reactant

1 1
C
C,1,R2
C,1,R3,2,A3
H,1,R4,2,A4,3,D4,0
C,2,R5,1,A5,3,D5,0
C,3,R6,1,A6,2,D6,0
H,2,R7,1,A7,5,D7,0
H,3,R8,1,A8,6,D8,0
C,5,R9,2,A9,1,D9,0
H,5,R10,2,A10,9,D10,0
H,6,R11,3,A11,1,D11,0
H,9,R12,5,A12,2,D12,0
N,12,R13,9,A13,5,D13,0
O,13,R14,12,A14,9,D14,0
O,13,R15,12,A15,14,D15,0
   Variables:
R2=1.33645389
R3=1.33660353
R4=1.10074611
R5=1.33726213
R6=1.33670528
R7=1.09982453
R8=1.10051988
R9=1.33744159
R10=1.09963903
R11=1.09982453
R12=1.09935981
R13=2.07433797
R14=1.13228353
R15=1.13100044
A3=120.03232023
A4=119.98191307
A5=119.98672647
A6=120.01035052
A7=120.00227816
A8=120.04276549
A9=120.00125801
A10=120.01913128
A11=120.04039186
A12=120.0163455
A13=156.25821177
A14=96.28045901
A15=83.72796423
D4=179.98777995
D5=-0.00978849
D6=-0.01338579
D7=-179.96026573
D8=179.99676865
D9=0.02316463
D10=179.91574884
D11=-179.97005081
D12=179.96606415
D13=0.00535544
D14=179.9767891
D15=-179.97091744

product

1 1
C
C,1,R2
C,1,R3,2,A3
H,1,R4,2,A4,3,180.,0
C,2,R5,1,A5,3,0.,0
C,3,R6,1,A6,2,0.,0
H,2,R7,1,A7,3,180.,0
H,3,R8,1,A8,2,180.,0
H,3,R9,1,A9,2,0.,0
C,5,R10,2,A10,1,0.,0
H,5,R11,2,A11,1,180.,0
H,6,R12,3,A12,1,180.,0
H,9,R13,3,A13,1,180.,0
N,10,R14,5,A14,2,180.,0
O,14,R15,10,A15,5,180.,0
O,14,R16,10,A16,5,0.,0
   Variables:
R2=1.337
R3=1.33685751
R4=1.10032223
R5=1.33735747
R6=1.33599139
R7=1.10032223
R8=1.1
R9=5.42305099
R10=1.33649168
R11=1.1
R12=1.10032223
R13=0.69180416
R14=1.30014461
R15=1.13205344
R16=1.31602622
A3=119.97878372
A4=119.99031319
A5=120.01589437
A6=120.02100315
A7=119.99031319
A8=119.97878372
A9=130.17621511
A10=119.94676582
A11=120.01589437
A12=120.00947368
A13=17.22366681
A14=119.96633938
A15=112.57703796
A16=127.41834372

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1楼 2009-05-04 10:55:00

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-5 08:33

TS2？
应该是QST2吧

还有你给的结构信息也有问题，用GV根本打不开啊。

建议你先用GV画好初始结构，然后再根据你的需求调整键长，键角和二面角。这样出错的几率比较小。

[ Last edited by majun04 on 2009-5-4 at 11:08 ]

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2楼2009-05-04 11:01:49

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skyerzj

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我弄错了，是qts2,但输入文件应该怎么改呢
我试了：
%chk=ph-no2
#B3LYP/6-31G opt(QTS2,noeigen,calcfc) iop(1/8=1,5/13=1)
结果还是报错

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3楼2009-05-04 11:34:38

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skyerzj

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我使用chem3D做的图，如果只对原料用TS直接算是可以进行的，但我不太明白：同时写原料和产物的坐标是不是分别写，最后放在一起（当然原子顺序一样）？还是两个坐标的连接需要另外的说明？
本人刚开始接触，可能比较白

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4楼2009-05-04 11:39:46

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与！ 5-4 15:22
skyerzj(金币+20,VIP+0):谢谢！ 5-4 16:57

引用回帖:

Originally posted by skyerzj at 2009-5-4 11:39:
我使用chem3D做的图，如果只对原料用TS直接算是可以进行的，但我不太明白：同时写原料和产物的坐标是不是分别写，最后放在一起（当然原子顺序一样）？还是两个坐标的连接需要另外的说明？
本人刚开始接触，可能比 ...

用QST2的时候，是要给出反应物和产物的结构信息的，分开给，先给一个，然后再给一个，要特别注意的是，原子的序号要保持一致。

给你一个乙腈和水作用得到乙酰胺（有多个过渡态）的例子，这个是寻找第一个过渡态的QST2文件，用GV生成:

%chk=QST2.chk
%mem=400MW
%nproc=2
# opt=(calcfc,qst2) rmp2/6-311++g(d,p) （注意是QST2，你在上面的帖子中用得是“QTS2”）

Title Card Required （乙腈＋H2O的结构信息）

0 1
C
N                1             B1
C                1             B2 2             A1
H                3             B3 1             A2 2             D1
H                3             B4 1             A3 2             D2
H                3             B5 1             A4 2             D3
H                2             B6 1             A5 3             D4
O                1             B7 2             A6 3             D5
H                8             B8 1             A7 2             D6

B1          1.17412016
B2          1.46164336
B3          1.09162491
B4          1.09147447
B5          1.09147340
B6          2.48734779
B7          3.00467436
B8          0.95934465
A1          177.72907855
A2          108.42255807
A3          109.92527898
A4          109.92526732
A5          82.26572933
A6          89.18189316
A7          160.91791778
D1          0.01127072
D2          119.89357371
D3       -119.87056233
D4          0.00000000
D5          0.00000000
D6          0.09554257

Title Card Required （乙酰胺异构体的结构信息）

0 1
C
N                1             B1
C                1             B2 2             A1
H                3             B3 1             A2 2             D1
H                3             B4 1             A3 2             D2
H                3             B5 1             A4 2             D3
H                2             B6 1             A5 3             D4
O                1             B7 2             A6 3             D5
H                8             B8 1             A7 2             D6

B1          1.27598615
B2          1.49934567
B3          1.09564429
B4          1.09564429
B5          1.08963604
B6          1.02660876
B7          1.38287682
B8          0.97488493
A1          122.53170968
A2          110.63399032
A3          110.63399032
A4          109.02043089
A5          109.80564432
A6          121.45572851
A7          110.23562236
D1          120.02193076
D2       -120.02193076
D3          0.00000000
D4          180.00000000
D5          180.00000000
D6          180.00000000

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