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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 基因组中特定基因的序列检索问题
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dynamicren

木虫 (著名写手)
你这个链接还是下载副溶血弧菌的全基因组序列的fasta格式,只不过省去了前面的所有注释而已,网页打开速度仍然很慢,再就是纯粹的fasta格式你无法知道gyrB基因在全基因组中的准确定位,最后还是得回头打开相应的注释网页,找到对gyrB基因的碱基起始定位,再到DNAStar等软件中将gyrB的碱基序列"抠"出来,我原先就是这么做的,感觉费时费力才上来求助的.
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11楼2009-05-03 21:57:51
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... =11353&to=13770

那就自己点genbank格式看看呗，要啥有啥………………
网页很慢怨自己的网速……
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12楼2009-05-03 22:03:58
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
另，根本就不是全基因组……一看网页后面的变量
?report=fasta&from=11353&to=13770
就知道是输出为fasta格式，只显示11353到13770之间的信息

?report=genbank&log$=seqview&from=11353&to=13770
这个是genbank格式的

你是不是看到Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 chromosome I, complete sequence这一行，还没等后面的下载完就下定论了啊
做科研心浮气躁的……
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13楼2009-05-03 22:06:41
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
==b
建议：回头自己好好摸摸该怎么正确使用ncbi
Format: GenBank FASTA Graphics More Formats
最上面还有这一行，根本不用你说的什么转换来转换去
如果你懂一点数据库设计，就知道，实现这个功能是多么简单……
另外，故意不把某个基因的片段给你显示出来而给你全序列
是更加困难的事情，因为要自己手动注释或者添加多一个判断语句
同时对服务器是多大的负担……
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14楼2009-05-03 22:10:55
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dynamicren

木虫 (著名写手)
谢谢,受教了,今天晚上网速有点慢,你给我的那个网址很难打开,所以回复的有点仓促,不好意思.另还有一事请教,就是我在NCBI中以"Vibrio gyrB"为检索词,选择"gene"数据库时进行搜索时,一共出现了1400多条记录,其中不相干的其他属细菌的记录就差不多有一半,不知道怎么回事,是不是我的检索存在不当之处,还望不吝赐教,谢谢了!
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15楼2009-05-03 22:59:41
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
Vibrio parahaemolyticus gyrB
我用的是这个……条件更严格些就ok了
才4条结果
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16楼2009-05-03 23:07:45
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dynamicren

木虫 (著名写手)
我是想查所有弧菌的gyrB基因,而不是只局限于副溶血弧菌,但每次检索总出现许多不相关的菌株序列,不知道怎么排除他们，让他们不在检索结果中出现.
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17楼2009-05-04 08:12:52
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