| 查看: 616 | 回复: 16 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
dynamicren木虫 (著名写手)
|
[交流]
基因组中特定基因的序列检索问题
|
||
| 现在很多生物的全基因组序列都已发布,但有时我们只需要了解其中特定基因的碱基序列,但在查询基因组已公布的生物特定基因的碱基序列时碰到一个问题就是,由于全基因组序列数据庞大,网页打开非常费力.我明明只需要特定基因的碱基序列就行了,可NCBI却却每每总是打开整个基因组的网页(严格来讲,NCBI默认的只是打开基因组的注释,序列不会在网页末端显示),速度非常慢(这还不包括打开fasta格式的序列,也就是同时打开序列.如果打开fasta格式序列速度就更慢了,一天估计也打开不了几个生物全基因组的网页了).当然了,你如果只是想了解该生物特定基因的部分片段,而不是基因组中的该基因的全序列,可查找其他人发布的该生物的特定基因的零散序列,这样速度就快很多了,因为信息量少,网页打开的也就快了.我一直希望能有一种方法能只"抠出"基因组中特定基因的碱基序列,而不用蜗牛似的打开整个基因组的网页,但到现在为止好象还没有找到解决方法,每次点击基因序列它总是会自动链接打开整个基因组序列,如果你查找其他人发布的该基因部分序列作替代就不存在这个了,但有时我们又必须了解全序列作为分析参考.不知道大家碰到过类似的情形没有,欢迎大家交流! |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考
已经有5人回复
-
279求调剂
已经有4人回复
-
284求调剂
已经有8人回复
-
材料复试调剂
已经有4人回复
-
本子写完了，给DS兄弟看了，得了92分
已经有7人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有13人回复
-
一志愿郑大材料学硕298分，求调剂
已经有5人回复
-
材料化工调剂
已经有13人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
三磷酸腺苷
铁杆木虫 (职业作家)
- BioEPI: 3
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.021
- 金币: 7298.5
- 散金: 9
- 红花: 13
- 帖子: 4032
- 在线: 224.7小时
- 虫号: 551611
- 注册: 2008-04-27
- 性别: GG
- 专业: 神经系统肿瘤（含特殊感受
|
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... =11353&to=13770 那就自己点genbank格式看看呗，要啥有啥……………… 网页很慢怨自己的网速…… |
12楼2009-05-03 22:03:58
三磷酸腺苷
铁杆木虫 (职业作家)
- BioEPI: 3
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.021
- 金币: 7298.5
- 散金: 9
- 红花: 13
- 帖子: 4032
- 在线: 224.7小时
- 虫号: 551611
- 注册: 2008-04-27
- 性别: GG
- 专业: 神经系统肿瘤（含特殊感受
2楼2009-05-03 14:32:46
3楼2009-05-03 15:04:14
qgaoamtf
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 13397.4
- 散金: 1937
- 红花: 5
- 帖子: 4119
- 在线: 903.4小时
- 虫号: 447303
- 注册: 2007-10-31
- 性别: GG
- 专业: 微生物遗传育种学
4楼2009-05-03 15:23:24
