应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 基因组中特定基因的序列检索问题
171/2返回列表12下一页
查看: 582  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

dynamicren

木虫 (著名写手)

[交流] 基因组中特定基因的序列检索问题

现在很多生物的全基因组序列都已发布,但有时我们只需要了解其中特定基因的碱基序列,但在查询基因组已公布的生物特定基因的碱基序列时碰到一个问题就是,由于全基因组序列数据庞大,网页打开非常费力.我明明只需要特定基因的碱基序列就行了,可NCBI却却每每总是打开整个基因组的网页(严格来讲,NCBI默认的只是打开基因组的注释,序列不会在网页末端显示),速度非常慢(这还不包括打开fasta格式的序列,也就是同时打开序列.如果打开fasta格式序列速度就更慢了,一天估计也打开不了几个生物全基因组的网页了).当然了,你如果只是想了解该生物特定基因的部分片段,而不是基因组中的该基因的全序列,可查找其他人发布的该生物的特定基因的零散序列,这样速度就快很多了,因为信息量少,网页打开的也就快了.我一直希望能有一种方法能只"抠出"基因组中特定基因的碱基序列,而不用蜗牛似的打开整个基因组的网页,但到现在为止好象还没有找到解决方法,每次点击基因序列它总是会自动链接打开整个基因组序列,如果你查找其他人发布的该基因部分序列作替代就不存在这个了,但有时我们又必须了解全序列作为分析参考.不知道大家碰到过类似的情形没有,欢迎大家交流!
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-05-03 13:28:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
是你自己没学会用ncbi吧
要特定基因的序列，不就搜那个基因就可以了？
赞一下 回复此楼
2楼2009-05-03 14:32:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jqq1985

银虫 (正式写手)
你直接搜索基因名称就可以了。
赞一下 回复此楼
3楼2009-05-03 15:04:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)
www.kegg.jp
回复此楼
4楼2009-05-03 15:23:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
kegg是代谢、通路数据库啦……
赞一下 回复此楼
5楼2009-05-03 15:30:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dynamicren

木虫 (著名写手)
我也是搜索的基因数据库,但如果要链接到其核酸序列时,它是直接链接到该生物的整个基因组的页面,
赞一下 回复此楼
6楼2009-05-03 17:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
基因那里会有nc、nm、np等开头的序号，分别代表DNA、mRNA和氨基酸序列……你是不是点错地方了啊
赞一下 回复此楼
7楼2009-05-03 17:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dynamicren

木虫 (著名写手)
这个我当然知道了,楼上的你搜索一下Vibrio parahaemolyticus的gyrB基因的核酸序列试试看,应该是2418bp,805个氨基酸,看你能否不用进入基因组全序列"抠",而是直接找一个网页就包含这个基因的所有碱基(注:不是氨基酸),找那种部分片段(partial sequence)也不作数.
赞一下 回复此楼
8楼2009-05-03 20:56:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... =11353&to=13770

真和谐啊……
赞一下 回复此楼
9楼2009-05-03 21:47:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郑B.CoA

金虫 (正式写手)
lz很汗
回复此楼
10楼2009-05-03 21:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dynamicren 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭