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dynamicren

木虫 (著名写手)

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[交流] 基因组中特定基因的序列检索问题

现在很多生物的全基因组序列都已发布,但有时我们只需要了解其中特定基因的碱基序列,但在查询基因组已公布的生物特定基因的碱基序列时碰到一个问题就是,由于全基因组序列数据庞大,网页打开非常费力.我明明只需要特定基因的碱基序列就行了,可NCBI却却每每总是打开整个基因组的网页(严格来讲,NCBI默认的只是打开基因组的注释,序列不会在网页末端显示),速度非常慢(这还不包括打开fasta格式的序列,也就是同时打开序列.如果打开fasta格式序列速度就更慢了,一天估计也打开不了几个生物全基因组的网页了).当然了,你如果只是想了解该生物特定基因的部分片段,而不是基因组中的该基因的全序列,可查找其他人发布的该生物的特定基因的零散序列,这样速度就快很多了,因为信息量少,网页打开的也就快了.我一直希望能有一种方法能只"抠出"基因组中特定基因的碱基序列,而不用蜗牛似的打开整个基因组的网页,但到现在为止好象还没有找到解决方法,每次点击基因序列它总是会自动链接打开整个基因组序列,如果你查找其他人发布的该基因部分序列作替代就不存在这个了,但有时我们又必须了解全序列作为分析参考.不知道大家碰到过类似的情形没有,欢迎大家交流!

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1楼 2009-05-03 13:28:24

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dynamicren

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你这个链接还是下载副溶血弧菌的全基因组序列的fasta格式,只不过省去了前面的所有注释而已,网页打开速度仍然很慢,再就是纯粹的fasta格式你无法知道gyrB基因在全基因组中的准确定位,最后还是得回头打开相应的注释网页,找到对gyrB基因的碱基起始定位,再到DNAStar等软件中将gyrB的碱基序列"抠"出来,我原先就是这么做的,感觉费时费力才上来求助的.