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新虫 (初入文坛)

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专业: 高分子材料结构与性能

[求助] 高分子中二氧化硅夹杂模拟 bond atoms missing

请教一下大家
模拟高分子体系里有纳米sio2。
是在ms里建模pcff势能，然后导出在lammmps里算，class2势能。
之前只算高分子都是没问题的。
加了sio2之后，先nve没问题，但是npt时运行一段时间（几万到几十万）总是报错：
bond atoms x x missing
或者out of range atoms cannot compute pppm。
看了一下一般都是sio2表面的氢原子丢失了。
看轨迹系统也比较稳定没有炸开。
改小步长只能延迟报错时间。
不知道可能是什么原因呢

哦，MS里建模SiO2是导入自带的structure的glasses的SiO2_21A_3d。不知道是不是这里有问题
下面是文件：

####################################################
# Initialization
variable fname index R1L4
variable tem equal 500
log          ${fname}.log
units          real
atom_style    full
boundary       p p p

####################################################
# Forcefield parameters
pair_style    lj/class2/coul/long 9.5 9.5
pair_modify    tail yes
bond_style    class2
angle_style    class2
dihedral_style  class2
improper_style  class2
kspace_style pppm 5.0e-6
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
dielectric    1.0
special_bonds lj/coul 0.0 0.0 1.0
comm_modify    cutoff 20.0             #***************************试着改的

read_data    ${fname}.data

####################################################
# Equilibriation step 1 - Langevin dynamics at 500K
thermo_style custom step temp press ke pe vol
#thermo_modify lost/bond ignore       #**********************************试着改的
thermo       100
timestep       0.5    #**********************************试着改的

fix          1 all nve/limit 0.4
velocity       all create ${tem} 1234
fix          2 all temp/rescale 1 ${tem} ${tem} 1 1.0
fix          3 all momentum 1 linear 1 1 1 angular
dump          dump0 all atom 1000 all0_*.atom
run          10000
unfix          1
unfix          2
write_data ${fname}_end1.txt

###################################################
min_style sd                      #***************************试着改的
minimize 1.0e-5 1.0e-7 10000 100000
####################################################

fix          1 all npt temp ${tem} ${tem} 100 iso 0 0 1000
run          800000
unfix          1
undump dump0
write_data ${fname}_end2.txt

一般运行到这里就报错了“run    800000 ”能运行几万到十几万步

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