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高分子中二氧化硅夹杂模拟 bond atoms missing
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请教一下大家 模拟高分子体系里有纳米sio2。 是在ms里建模pcff势能，然后导出在lammmps里算，class2势能。 之前只算高分子都是没问题的。 加了sio2之后，先nve没问题，但是npt时运行一段时间（几万到几十万）总是报错： bond atoms x x missing 或者out of range atoms cannot compute pppm。 看了一下一般都是sio2表面的氢原子丢失了。 看轨迹系统也比较稳定没有炸开。 改小步长只能延迟报错时间。 不知道可能是什么原因呢  哦，MS里建模SiO2是导入自带的structure的glasses的SiO2_21A_3d。不知道是不是这里有问题 下面是文件： #################################################### # Initialization variable fname index R1L4 variable tem equal 500 log ${fname}.log units real atom_style full boundary p p p #################################################### # Forcefield parameters pair_style lj/class2/coul/long 9.5 9.5 pair_modify tail yes bond_style class2 angle_style class2 dihedral_style class2 improper_style class2 kspace_style pppm 5.0e-6 neigh_modify delay 0 every 1 check yes dielectric 1.0 special_bonds lj/coul 0.0 0.0 1.0 comm_modify cutoff 20.0 #***************************试着改的 read_data ${fname}.data #################################################### # Equilibriation step 1 - Langevin dynamics at 500K thermo_style custom step temp press ke pe vol #thermo_modify lost/bond ignore #**********************************试着改的 thermo 100 timestep 0.5 #**********************************试着改的 fix 1 all nve/limit 0.4 velocity all create ${tem} 1234 fix 2 all temp/rescale 1 ${tem} ${tem} 1 1.0 fix 3 all momentum 1 linear 1 1 1 angular dump dump0 all atom 1000 all0_*.atom run 10000 unfix 1 unfix 2 write_data ${fname}_end1.txt ################################################### min_style sd #***************************试着改的 minimize 1.0e-5 1.0e-7 10000 100000 #################################################### fix 1 all npt temp ${tem} ${tem} 100 iso 0 0 1000 run 800000 unfix 1 undump dump0 write_data ${fname}_end2.txt 一般运行到这里就报错了“run 800000 ”能运行几万到十几万步 |
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2楼2018-12-13 16:20:54
awuli张
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3楼2019-09-27 00:45:12
15