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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » A类和B类错误如何解决
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wangyong8569

至尊木虫 (著名写手)

[求助] A类和B类错误如何解决 已有2人参与

But in principle my question remains: “... refining the solvent molecules, they must show senseful atomic parameters and there should be no large voids left….”
So please solve or comment these cif alerts:
413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O5 --H5 Please Check
601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 142 Ang**3 @lich666
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1楼 2018-12-13 15:31:03
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangyong8569: 金币+10 2018-12-15 21:31:33
这一系列问题，可以直接百度出来的，都是很简单的
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2楼2018-12-13 18:21:53
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangyong8569: 金币+10, ★有帮助 2018-12-15 21:31:37
本帖仅楼主可见
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3楼2018-12-14 09:01:26
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wangyong8569

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lich666 at 2018-12-14 09:01:26
这个检查结果叫alert（警告），不是error（错误）。
这里提示都是加氢错误。好好调整下O3和O5上的氢。让它们有受体就行了。

这是原始数据，麻烦您有空帮我看下，怎么把以下这些错误去掉。谢谢
413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O5 --H5 Please Check
601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 142 Ang**3
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4楼2018-12-17 13:29:12
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wangyong8569

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Tab呱呱 at 2018-12-13 18:21:53
这一系列问题，可以直接百度出来的，都是很简单的

413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O5 --H5 Please Check
601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 142 Ang**3
您好，麻烦您有空帮我看下这些错误怎么去掉
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5楼2018-12-17 13:30:27
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Tab呱呱

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyong8569 at 2018-12-17 13:30:27
413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O5 --H5 Please Check
601_ALERT_2_B Struct ...

413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
这是不是你进行了无序处理，或者固定了键长键角，导致氢原子距离过近。
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O5 --H5 Please Check
找不到受体的错误往往是加氢的位置错误造成的，可以尝试重新加氢，再固定合适的键长。
601_ALERT_2_B Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 142 Ang**3
指认合适的溶剂分子，实在无法指认，使用squeeze，用新的hkl和res文件精修吧
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6楼2018-12-17 18:39:39
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wangyong8569

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Tab呱呱 at 2018-12-17 18:39:39
413_ALERT_2_A Short Inter XH3 .. XHn H46A ..H72C 1.64 Ang.
这是不是你进行了无序处理，或者固定了键长键角，导致氢原子距离过近。
420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor O3 --H3B Please Check
420_ALERT_2 ...

不会用squeeze。
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7楼2018-12-18 09:37:11
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