应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】discover运行问题，请高手帮忙，谢谢！！！
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
172/2返回列表上一页12
查看: 671  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

laohaoren2802

银虫 (正式写手)
out文件里的全部内容：       
DISCOVER Molecular Simulation Program

                Version:   2005.2
                Build:     Dec 19 2005
                Date:      Tue Apr 28 20:04:22 2009
                Host Name: PC-04061029
                Host Type: Windows
                Threads:   1


---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover [for 9999:9999:99:LND] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

randomSeed is set to 920262

Line   7:BTCL> autoEcho off

---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_compass [for 9999:9999:99:LND] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

INPUT FILES
___________

File Type                Name
---------                ----

Forcefield                C:\PROGRA~1\Accelrys\MSMODE~1.0\Discover\..\Data\Discover\res/compass.frc
Molecular data                cell.mdf
Coordinate                cell.car

Periodic Boundary Conditions
____________________________

                Length (A)                Angle (degrees)
                ----------                ---------------

                a 21.97920                alpha  90.00000
                b 21.97920                beta   90.00000
                c 21.97920                gamma  90.00000


MOLECULAR TOPOLOGY
__________________

Number of molecules:                    12
Number of residues:                    84
Number of atoms:                   824 (asymmetric unit: 824)
Number of atom types:                     9
Number of bonds:                   812
Number of consolidated angles:          1520
Number of consolidated torsions:  1896
Number of bond_bond_1_3s:          1896
Number of angle-angles:                  2880

FORCEFIELD OPTIONS
__________________

Filename                  : compass.frc
Definition name                  : cff91
Version                          : 2.6
Last modification date          : 10/1/2001
# of automatic parameters : 0

NONBOND ENERGY CUTOFFS
______________________

                Cutoff (A)        Spline Width (A)        Buffer Width (A)

vdW                  9.50                     1.00                     0.50
Coulomb                  9.50                     1.00                     0.50

Summation method for vdW        : Group based
Summation method for Coulomb        : Group based
Dielectric                        : 1.00
NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations


MOLECULAR DYNAMICS
__________________

Ensemble           :       NVE

Timestep           :      0.50 fs
Duration           : 100000.00 fs
Integration Method : Velocity Verlet

Initial Velocities :   Random Velocities from Boltzmann distribution
Initial Temp.      :    300.00 K
赞一下 回复此楼
11楼2009-05-02 14:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢
好大的分子
建议先NVT平衡一段再做NVE
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2009-05-02 17:26:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

laohaoren2802

银虫 (正式写手)
已经用NVT平衡过了，NVE 是第二步。在用NVT平衡时，也出现过这种情况，但是把time step改小了之后（由1fs改为0.5fs）可以运行出结果，但需要2个多小时。紧接着用NVE时，time step仍保持为0.5fs ，就出现了所说的这种情况。time step如果再变小的话就与NVT的number of steps不一致了，画图的时候数目就不一致了。
赞一下 回复此楼
13楼2009-05-02 19:19:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 5-8 22:39
平衡了多长时间？怀疑能量还是很高
也可以用rattle算法试试
赞一下(10人) 回复此楼
14楼2009-05-02 20:42:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

laohaoren2802

银虫 (正式写手)
试试看吧！非常感谢版主！！
赞一下 回复此楼
15楼2009-05-02 21:37:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-2 17:26:
好大的分子
建议先NVT平衡一段再做NVE

不好意思问个小小的问题，为什么说是好大的分子呢？不才12个分子 824个原子么
赞一下 回复此楼
16楼2009-05-15 11:03:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来 5-14 23:57
分子包含的原子数越多，越难得到能量最低构象
赞一下(10人) 回复此楼
17楼2009-05-15 14:13:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 laohaoren2802 的主题更新
172/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求材料调剂，一志愿郑州大学289分 +21 硕星赴 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 11:55 by 猪会飞
[考研] 0703化学调剂 348分 +12 唉我超真没招了 2026-04-06 13/650 2026-04-08 09:24 by shangxh
[考研] 362求调剂 +8 我要考大 2026-04-06 12/600 2026-04-08 00:32 by JourneyLucky
[考研] 388求调剂 +6 四川王涛 2026-04-07 8/400 2026-04-08 00:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +12 努力奋斗112 2026-04-06 13/650 2026-04-07 23:49 by JourneyLucky
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
[考研] 0854电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +5 星星不眨眼喽 2026-04-05 6/300 2026-04-07 22:16 by hemengdong
[考研] 一志愿北京2，材料与化工308求调剂 +16 熊二想上岸 2026-04-04 17/850 2026-04-07 14:58 by BruceLiu320
[考研] 软工学硕299求调剂 +6 useryy 2026-04-07 6/300 2026-04-07 09:50 by vgtyfty
[考研] 385分 生物学（071000）求调剂 +12 qf626 2026-04-01 12/600 2026-04-06 17:36 by 52305043001
[考研] 材料工程310专硕调剂 +14 捞捞我…. 2026-04-04 15/750 2026-04-06 14:18 by lqwchd
[考研] 306分材料与化工求调剂 +7 黎吧啦啦你很有� 2026-04-03 7/350 2026-04-05 17:18 by Hdyxbekcb
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 085601一志愿北理325分求调剂 +6 找调剂，， 2026-04-02 6/300 2026-04-03 22:20 by 柟�?
[考研] 一志愿重庆大学085404，总分314分，求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:28 by jiouuu
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭