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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】discover运行问题，请高手帮忙，谢谢！！！
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
out文件里的全部内容：       
DISCOVER Molecular Simulation Program

                Version:   2005.2
                Build:     Dec 19 2005
                Date:      Tue Apr 28 20:04:22 2009
                Host Name: PC-04061029
                Host Type: Windows
                Threads:   1


---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover [for 9999:9999:99:LND] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

randomSeed is set to 920262

Line   7:BTCL> autoEcho off

---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_compass [for 9999:9999:99:LND] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

INPUT FILES
___________

File Type                Name
---------                ----

Forcefield                C:\PROGRA~1\Accelrys\MSMODE~1.0\Discover\..\Data\Discover\res/compass.frc
Molecular data                cell.mdf
Coordinate                cell.car

Periodic Boundary Conditions
____________________________

                Length (A)                Angle (degrees)
                ----------                ---------------

                a 21.97920                alpha  90.00000
                b 21.97920                beta   90.00000
                c 21.97920                gamma  90.00000


MOLECULAR TOPOLOGY
__________________

Number of molecules:                    12
Number of residues:                    84
Number of atoms:                   824 (asymmetric unit: 824)
Number of atom types:                     9
Number of bonds:                   812
Number of consolidated angles:          1520
Number of consolidated torsions:  1896
Number of bond_bond_1_3s:          1896
Number of angle-angles:                  2880

FORCEFIELD OPTIONS
__________________

Filename                  : compass.frc
Definition name                  : cff91
Version                          : 2.6
Last modification date          : 10/1/2001
# of automatic parameters : 0

NONBOND ENERGY CUTOFFS
______________________

                Cutoff (A)        Spline Width (A)        Buffer Width (A)

vdW                  9.50                     1.00                     0.50
Coulomb                  9.50                     1.00                     0.50

Summation method for vdW        : Group based
Summation method for Coulomb        : Group based
Dielectric                        : 1.00
NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations


MOLECULAR DYNAMICS
__________________

Ensemble           :       NVE

Timestep           :      0.50 fs
Duration           : 100000.00 fs
Integration Method : Velocity Verlet

Initial Velocities :   Random Velocities from Boltzmann distribution
Initial Temp.      :    300.00 K
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11楼2009-05-02 14:40:44
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qasd

木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢
好大的分子
建议先NVT平衡一段再做NVE
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12楼2009-05-02 17:26:10
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
已经用NVT平衡过了，NVE 是第二步。在用NVT平衡时，也出现过这种情况，但是把time step改小了之后（由1fs改为0.5fs）可以运行出结果，但需要2个多小时。紧接着用NVE时，time step仍保持为0.5fs ，就出现了所说的这种情况。time step如果再变小的话就与NVT的number of steps不一致了，画图的时候数目就不一致了。
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13楼2009-05-02 19:19:54
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qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 5-8 22:39
平衡了多长时间？怀疑能量还是很高
也可以用rattle算法试试
赞一下(10人) 回复此楼
14楼2009-05-02 20:42:35
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laohaoren2802

银虫 (正式写手)
试试看吧！非常感谢版主！！
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15楼2009-05-02 21:37:47
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点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-5-2 17:26:
好大的分子
建议先NVT平衡一段再做NVE

不好意思问个小小的问题，为什么说是好大的分子呢？不才12个分子 824个原子么
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16楼2009-05-15 11:03:13
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qasd

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢，欢迎常来 5-14 23:57
分子包含的原子数越多，越难得到能量最低构象
赞一下(10人) 回复此楼
17楼2009-05-15 14:13:14
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