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laohaoren2802银虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】discover运行问题，请高手帮忙，谢谢！！！
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在运行Discover—Dynamics时，具体参数选择为： ensemble---NVE； Temperature—300K； number of steps——200000； time step—1.0； dynamics time—200.0； save—full； frame output every—250 点击Run后，可以运行。 但是当运行一段时间后就停留在那一步不动了，无法进行后面的计算，而Jobs explorer中status栏仍显示为：running。 下面是status.txt中部分信息，从这之后等了40多分钟后还是这样，毫无进展，也没提示错误： Operation: dynamics Temperature 312K Step 27068 Sim Time 27068fs CPU Time 0:15:37 不知道是什么原因，请高手指点，谢谢！！！ |
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laohaoren2802
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out文件里的全部内容： DISCOVER Molecular Simulation Program Version: 2005.2 Build: Dec 19 2005 Date: Tue Apr 28 20:04:22 2009 Host Name: PC-04061029 Host Type: Windows Threads: 1 --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_discover --------------------------------------------------------------- randomSeed is set to 920262 Line 7:BTCL> autoEcho off --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_compass --------------------------------------------------------------- INPUT FILES ___________ File Type Name --------- ---- Forcefield C:\PROGRA~1\Accelrys\MSMODE~1.0\Discover\..\Data\Discover\res/compass.frc Molecular data cell.mdf Coordinate cell.car Periodic Boundary Conditions ____________________________ Length (A) Angle (degrees) ---------- --------------- a 21.97920 alpha 90.00000 b 21.97920 beta 90.00000 c 21.97920 gamma 90.00000 MOLECULAR TOPOLOGY __________________ Number of molecules: 12 Number of residues: 84 Number of atoms: 824 (asymmetric unit: 824) Number of atom types: 9 Number of bonds: 812 Number of consolidated angles: 1520 Number of consolidated torsions: 1896 Number of bond_bond_1_3s: 1896 Number of angle-angles: 2880 FORCEFIELD OPTIONS __________________ Filename : compass.frc Definition name : cff91 Version : 2.6 Last modification date : 10/1/2001 # of automatic parameters : 0 NONBOND ENERGY CUTOFFS ______________________ Cutoff (A) Spline Width (A) Buffer Width (A) vdW 9.50 1.00 0.50 Coulomb 9.50 1.00 0.50 Summation method for vdW : Group based Summation method for Coulomb : Group based Dielectric : 1.00 NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations MOLECULAR DYNAMICS __________________ Ensemble : NVE Timestep : 0.50 fs Duration : 100000.00 fs Integration Method : Velocity Verlet Initial Velocities : Random Velocities from Boltzmann distribution Initial Temp. : 300.00 K |
11楼2009-05-02 14:40:44
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laohaoren2802
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