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【讨论】关于分子动力学模拟的过程
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欢迎大家来讨论一下做分子动力学模拟的详细过程！以便像我 这样的初学者更快的入门！ 我 现在在看computer simulation of liquids 这本书，里面写些程序，最主要的是学习里面的算法，但是我还不清楚具体的动力学模拟过程， 比如：编程计算得出的是 相空间的位置和动量，请问各位这个所谓的轨迹就是每经过一时间步长的后的位置和动量（或速度）吗？最后在输出文件里要把每一时刻的位置和动量（或速度)都输出吗？ 在得到所有时刻的位置和动量（或速度）后，我怎样用vmd来演示沿其相空间轨迹的运动？是要用vmd软件先读取先前计算得到的位置和动量（或速度）吗？怎样具体操作？ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:58 ] |
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superdirac
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