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【讨论】关于分子动力学模拟的过程
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欢迎大家来讨论一下做分子动力学模拟的详细过程!以便像我 这样的初学者更快的入门! 我 现在在看computer simulation of liquids 这本书,里面写些程序,最主要的是学习里面的算法,但是我还不清楚具体的动力学模拟过程, 比如:编程计算得出的是 相空间的位置和动量,请问各位这个所谓的轨迹就是每经过一时间步长的后的位置和动量(或速度)吗?最后在输出文件里要把每一时刻的位置和动量(或速度)都输出吗? 在得到所有时刻的位置和动量(或速度)后,我怎样用vmd来演示沿其相空间轨迹的运动?是要用vmd软件先读取先前计算得到的位置和动量(或速度)吗?怎样具体操作? [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 19:58 ] |
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2楼2009-04-28 09:49:59
superdirac
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