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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp分子动力学的数据处理问题
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langes

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp分子动力学的数据处理问题

请问，大家vasp分子动力学的数据处理都针对哪个输出文件？vasp.xml?采用什么软件？
用VMD吗？
但是为什么我用VMD不能处理vasp.xml文件呢，但是可以直接处理DL_POLY的HISTORY文件。
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1楼 2009-04-23 09:23:12
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huangyc

木虫 (正式写手)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 4-23 19:15
vasp.xml可用p4vasp处理
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2楼2009-04-23 17:00:26
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-25 01:22
处理的是XDATCAR文件，
VMD中也有RMSD
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9楼2009-04-24 19:16:29
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
你主要想得到哪方面的性质？
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3楼2009-04-23 19:16:06
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langes

铜虫 (小有名气)
得到RDF、自相关函数、均方位移，最终获得扩散系数
不知道wuchenwf 和huangyc 能否提供处理思路呢？
谢谢！
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4楼2009-04-23 21:28:45
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0): 3Q！！谢谢帮助！ 4-24 08:24
你可以找一些分子动力学模拟的教材看看，上面都有很详细的介绍，比如 the art of molecular dynamics
另外，你分析的时候用voronoi多面体吗？
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5楼2009-04-23 22:30:43
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langes

铜虫 (小有名气)
呵呵，谢谢了
硕博论文中也有很多，这不实在不想编程序了，看有没有软件直接处理一下？
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6楼2009-04-23 22:34:22
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★
spur(金币+1,VIP+0): 3Q！！^_^ 4-24 08:25
VMD可以算 gr的
MSD好像没有现成的软件，估计得自己编写，不过很简单的。
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7楼2009-04-23 22:39:19
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langes

铜虫 (小有名气)
请问wuchenwf ：
VMD计算g（r）时，处理的是什么文件？
如果可以处理g（r），VMD中也有RMSD啊，也应该能算吧？
谢谢了，希望能指导一下我。
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8楼2009-04-24 17:15:08
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langes

铜虫 (小有名气)
XDATCAR输入VMD后，只有一个最后的构型啊，而RDF应该是一系列构型的平均吧，那这个问题如何解决呢？
谢谢了
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10楼2009-04-25 18:58:05
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