24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1413  |  回复: 11
当前主题已经存档。

langes

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp分子动力学的数据处理问题

请问,大家vasp分子动力学的数据处理都针对哪个输出文件?vasp.xml?采用什么软件?
用VMD吗?
但是为什么我用VMD不能处理vasp.xml文件呢,但是可以直接处理DL_POLY的HISTORY文件。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

huangyc

木虫 (正式写手)


wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 4-23 19:15
vasp.xml可用p4vasp处理
2楼2009-04-23 17:00:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-25 01:22
处理的是XDATCAR文件,
VMD中也有RMSD
9楼2009-04-24 19:16:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

你主要想得到哪方面的性质?
3楼2009-04-23 19:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

langes

铜虫 (小有名气)

得到RDF、自相关函数、均方位移,最终获得扩散系数
不知道wuchenwf 和huangyc 能否提供处理思路呢?
谢谢!
4楼2009-04-23 21:28:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
spur(金币+2,VIP+0): 3Q!!谢谢帮助! 4-24 08:24
你可以找一些分子动力学模拟的教材看看,上面都有很详细的介绍,比如 the art of molecular dynamics
另外,你分析的时候用voronoi多面体吗?
5楼2009-04-23 22:30:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

langes

铜虫 (小有名气)

呵呵,谢谢了
硕博论文中也有很多,这不实在不想编程序了,看有没有软件直接处理一下?
6楼2009-04-23 22:34:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


spur(金币+1,VIP+0): 3Q!!^_^ 4-24 08:25
VMD可以算 gr的
MSD好像没有现成的软件,估计得自己编写,不过很简单的。
7楼2009-04-23 22:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

langes

铜虫 (小有名气)

请问wuchenwf :
VMD计算g(r)时,处理的是什么文件?
如果可以处理g(r),VMD中也有RMSD啊,也应该能算吧?
谢谢了,希望能指导一下我。
8楼2009-04-24 17:15:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

langes

铜虫 (小有名气)

XDATCAR输入VMD后,只有一个最后的构型啊,而RDF应该是一系列构型的平均吧,那这个问题如何解决呢?
谢谢了
10楼2009-04-25 18:58:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 langes 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见