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可乐宝宝

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1675.4
帖子: 823
在线: 84小时
虫号: 209108
注册: 2006-03-06
性别: MM
专业: 中西医结合临床基础

[交流] 【求助已经解决，请斑竹帮忙

请教高手：
比如某文献列出RT-PCR的上下游引物，以及产物的大小。我想在BLAST上验证一下，在nucleotide blast的检索框中按5‘----3’输入上游引物和下游引物（另起一行，直接输入，不是互补序列），检索结果有些看不明白，匹配度100%的那几条描述的基因来源倒是对，但从哪里看扩增产物的大小呢？
举例：某文献β-actin:上游5′CATCACCATGGCAATGAGCGG3′;下游5′TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC3′，预计扩增产物长度为378 bp。
BLAST后结果之一为：
>ref|NM_001101.2|  Homo sapiens actin, beta (ACTB), mRNA
Length=1793
                                                      Sort alignments for this subject sequence by:
                                                         E value  Score  Percent identity
                                                         Query start position  Subject start position

Score = 44.1 bits (22),  Expect = 0.007
Identities = 22/22 (100%), Gaps = 0/22 (0%)
Strand=Plus/Minus

Query  22 TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC  43
         ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1190  TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC  1169

Score = 30.2 bits (15),  Expect = 111
Identities = 22/23 (95%), Gaps = 1/23 (4%)
Strand=Plus/Plus

Query  1 CATCACCAT-GGCAATGAGCGGT  22
         ||||||||| |||||||||||||
Sbjct  814  CATCACCATTGGCAATGAGCGGT  836

产物长度是否为1190-814+1=377bp？

另外，我看到有人说下游引物与上游引物之间要输入若干N，还有人说要反向输入互补序列，不知对否？

[ Last edited by 可乐宝宝 on 2009-4-24 at 10:09 ]

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