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【求助已经解决，请斑竹帮忙
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请教高手： 比如某文献列出RT-PCR的上下游引物，以及产物的大小。我想在BLAST上验证一下，在nucleotide blast的检索框中按5‘----3’输入上游引物和下游引物（另起一行，直接输入，不是互补序列），检索结果有些看不明白，匹配度100%的那几条描述的基因来源倒是对，但从哪里看扩增产物的大小呢？ 举例：某文献β-actin:上游5′CATCACCATGGCAATGAGCGG3′;下游5′TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC3′，预计扩增产物长度为378 bp。 BLAST后结果之一为： >ref|NM_001101.2| Homo sapiens actin, beta (ACTB), mRNA Length=1793 Sort alignments for this subject sequence by: E value Score Percent identity Query start position Subject start position Score = 44.1 bits (22), Expect = 0.007 Identities = 22/22 (100%), Gaps = 0/22 (0%) Strand=Plus/Minus Query 22 TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC 43 |||||||||||||||||||||| Sbjct 1190 TGCGGTGGACGATGGAGGGGCC 1169 Score = 30.2 bits (15), Expect = 111 Identities = 22/23 (95%), Gaps = 1/23 (4%) Strand=Plus/Plus Query 1 CATCACCAT-GGCAATGAGCGGT 22 ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 814 CATCACCATTGGCAATGAGCGGT 836 产物长度是否为1190-814+1=377bp？ 另外，我看到有人说下游引物与上游引物之间要输入若干N，还有人说要反向输入互补序列，不知对否？ [ Last edited by 可乐宝宝 on 2009-4-24 at 10:09 ] |
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