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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【转帖】高斯批处理的输入。

1)若用Windows系统 可以直接编辑,给你文件样本,编写内容如下的文本文件,命名name.bcf

!
!user created batch file list
!start=1
!
a.gjf , a.out
b.gjf , b.out

2)用NQS 批处理
Gaussian可以使用UNIX系统支持的NQS批处理工具。初始化文件中定义的subg03命令可
以把输入任务提交到批处理序列中。它的语法是:
Subg03 序列名 任务名 [-scrdir dir1] [-exedir dir2] [-p n]
两个必需的参数是序列名和文件名。输入来自job-name.com,输出为job-namelog,与
交互运行一样。NQS日志文件发送到job-name.batch-log。可选的参数-scrdir和-exedir分
别用于代替默认的scratch和执行目录。其它参数来自NQS选项。特别是-p n可用于设置序列
中优先为n。它在启动时优先计算(1是最低的),并不影响运行时间的优先权。
从交互方式提交NQS任务,需要创建类似于下面的文件(文件名为name.job):
# QSUB –r name –o name.out –eo
# QSUB –lt 2000 –lT 2100
# QSUB –lm 7mw –lM 7mw
g98 其中的name应当用实际计算使用的名称代替。第一行命名运行的任务,输出文件名,以及在
输出文件中包含出错信息。不同的时间参数允许加入用于清除的任务控制(例如,如果事件
超过运行时间限制,就保存checkpoint文件)。内存参数用于最初执行任务的时间安排,以
及由程序确定动态内存的使用。
这个任务接下来使用以下的命令提交:
$ qsub name.job
输出的文件将放在当前的工作目录。
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半支烟5591

铜虫 (正式写手)

专家


★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):怎么不一样? 写出来看看 4-24 17:55
我们的批处理怎么和你的有点不一样?BOTH Windows AND UNIX
2楼2009-04-24 17:11:51
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半支烟5591

铜虫 (正式写手)

专家


★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-17 15:11
Windows下高司自带有快捷方式,不用手工编辑bcf .UNIX可以Windows下编辑个没有扩展名的文件,go3 < x.gjf > x.log x为要批处理的,然后dos2unix *.gjf转化格式!
3楼2009-04-25 10:04:02
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doudouding

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 半支烟5591 at 2009-4-24 17:11:
我们的批处理怎么和你的有点不一样?BOTH Windows AND UNIX

用高斯自动生成的批处理文件和楼主的一样啊,但运算的时候提示“the main job is non-standard”,然后运算被非正常中断

[ Last edited by doudouding on 2009-5-16 at 22:42 ]
4楼2009-05-16 22:18:14
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doudouding

木虫 (小有名气)

然后运算被非正常中断
5楼2009-05-16 22:20:02
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doudouding

木虫 (小有名气)

哪位能说一下bcf文件到底应该怎么编辑和计算时怎么使用呢
6楼2009-05-16 22:20:46
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

我的批处理方法是另一种:
写一个x.in文件
nohup g03 a.com a.log &
wait
nohup g03 b.com b.log &
wait
nohup g03 c.com c.log &
wait
……
然后sh x.in &
7楼2009-05-18 14:13:27
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

在 Linux 下,建议启动 screen,然后在 screen 中运行脚本,这样就不需要 nohup 之类的了。
CODE:
screen

for i in `ls *.com`; do
j=`echo $i | sed 's/.com//g'`
g03 < $i > $j.log
done

然后,按 ctrl+a d,这样就从 screen 中退出来。这个时候再 logout 便不会影响运算。

如果想再次进入,就 screen -r 就可以了。呵呵……
8楼2009-05-18 14:23:04
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by doudouding at 2009-5-16 22:20:
哪位能说一下bcf文件到底应该怎么编辑和计算时怎么使用呢

bcf只能针对windows。
对于d:\a.gjf,d:\b.gjf,d:\c.gjf三个文件,如果你要写一个bcf文件来进行批处理,格式如下
!start=1
d:\a.gjf , d:\a.gjf
d:\b.gjf , d:\a.gjf
d:\c.gjf , d:\a.gjf
将这个文件保存为xx.bcf,这样就能顺次执行d:\a.gjf,d:\b.gjf,d:\c.gjf三个文件了。
执行方式很简单:打开Gaussian03,菜单file---open,将打开文件类型改为“batch control files (bcf)”,找到xx.bcf,运行它就是了。运行过程中会发现Gaussian03面板上在batch data和processing两栏中显示bcf文件的运行信息。
又及:强烈建议在Gaussian03中,菜单中file---preferences---process----“batch processing”---“end batch run on error”前面的对勾去掉。否则,只要一旦a.gjf的计算出现错误,程序将不执行b.gjf与c.gjf。如果一旦b.gjf的计算出现错误,程序将不执行c.gjf。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-5-18 at 14:32 ]
9楼2009-05-18 14:24:01
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by snoopyzhao at 2009-5-18 14:23:
在 Linux 下,建议启动 screen,然后在 screen 中运行脚本,这样就不需要 nohup 之类的了。

[code]
screen

for i in `ls *.com`; do
j=`echo $i | sed 's/.com//g'`
g03 < $i > $j.log
done
[/c ...

学习了
10楼2009-05-18 14:25:30
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