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georgecumt

金虫 (正式写手)

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[交流] 请教 VMD进行谱计算和观察

刚刚发了一个关于amber仿真步骤的长贴，都是俺心血的总结，虽然在baidu上能搜到不少，但或多或少都有些问题和小瑕疵，不如直接采用amber公司的教程，step by step，一定可以成功。 http://muchong.com/t-12879135-1
但是，MD仿真完毕，俺想用VMD进行谱(spectra)计算和观察，可是一直没有找到方法。故在此求助。

用Amber15已经进行了大肠杆菌(E.coli.)的分子动力学仿真，轨迹文件和拓扑文件，以及数据分析analysis需要的文件都已经生成。然后是采用VMD计算和观察IR Spectra，就是吸收谱。如果能用VMD计算和观察仿真后的谱，就可以与实验测得THz吸收谱进行比较了。
可是，一直不知道如何用VMD进行计算和观察，哪位仁兄用过这个功能，能够指点一二，或者哪里有tutorial之类的，可告知。谢谢。

注：论坛里之前有位好心人发了一个"VMD中文教程"，其中关于VMD的部分功能介绍地很好，但是没有谱计算方法的，稍有遗憾。

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