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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请教 VMD进行谱计算和观察
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georgecumt

金虫 (正式写手)

[交流] 请教 VMD进行谱计算和观察

刚刚发了一个关于amber仿真步骤的长贴，都是俺心血的总结，虽然在baidu上能搜到不少，但或多或少都有些问题和小瑕疵，不如直接采用amber公司的教程，step by step，一定可以成功。 http://muchong.com/t-12879135-1
但是，MD仿真完毕，俺想用VMD进行谱(spectra)计算和观察，可是一直没有找到方法。故在此求助。

用Amber15已经进行了大肠杆菌(E.coli.)的分子动力学仿真，轨迹文件和拓扑文件，以及数据分析analysis需要的文件都已经生成。然后是采用VMD计算和观察IR Spectra，就是吸收谱。如果能用VMD计算和观察仿真后的谱，就可以与实验测得THz吸收谱进行比较了。
可是，一直不知道如何用VMD进行计算和观察，哪位仁兄用过这个功能，能够指点一二，或者哪里有tutorial之类的，可告知。谢谢。

注：论坛里之前有位好心人发了一个"VMD中文教程"，其中关于VMD的部分功能介绍地很好，但是没有谱计算方法的，稍有遗憾。
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1楼 2018-11-13 23:49:31
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peng660

新虫 (小有名气)
★
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MD不计算电子吧？吸收谱是由分子的能带结构决定的吧？这么看的话，需要找方法专门计算吸收谱的，比如QM

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7楼2018-11-15 22:52:49
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georgecumt

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by peng660 at 2018-11-15 22:52:49
MD不计算电子吧？吸收谱是由分子的能带结构决定的吧？这么看的话，需要找方法专门计算吸收谱的，比如QM

这位兄弟能具体说说吗？ QM是什么，之前没有用过呢
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8楼2018-11-16 19:08:53
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13519130470

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
VMD是变分模态分解？

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9楼2018-12-24 00:06:32
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youngen2楼
2018-11-14 08:10   回复  
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nono20093楼
2018-11-14 09:17   回复  
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`
5305049794楼
2018-11-14 15:06   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing5楼
2018-11-15 16:01   回复  
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yanbodr6楼
2018-11-15 19:24   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
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