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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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georgecumt

金虫 (正式写手)


[交流] 请教 VMD进行谱计算和观察

刚刚发了一个关于amber仿真步骤的长贴,都是俺心血的总结,虽然在baidu上能搜到不少,但或多或少都有些问题和小瑕疵,不如直接采用amber公司的教程,step by step,一定可以成功。 http://muchong.com/t-12879135-1
但是,MD仿真完毕,俺想用VMD进行谱(spectra)计算和观察,可是一直没有找到方法。故在此求助。

用Amber15已经进行了大肠杆菌(E.coli.)的分子动力学仿真,轨迹文件和拓扑文件,以及数据分析analysis需要的文件都已经生成。然后是采用VMD计算和观察IR Spectra,就是吸收谱。如果能用VMD计算和观察仿真后的谱,就可以与实验测得THz吸收谱进行比较了。
可是,一直不知道如何用VMD进行计算和观察,哪位仁兄用过这个功能,能够指点一二,或者哪里有tutorial之类的,可告知。谢谢。

注:论坛里之前有位好心人发了一个"VMD中文教程",其中关于VMD的部分功能介绍地很好,但是没有谱计算方法的,稍有遗憾。
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peng660

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
MD不计算电子吧?吸收谱是由分子的能带结构决定的吧?这么看的话,需要找方法专门计算吸收谱的,比如QM

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7楼2018-11-15 22:52:49
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georgecumt

金虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by peng660 at 2018-11-15 22:52:49
MD不计算电子吧?吸收谱是由分子的能带结构决定的吧?这么看的话,需要找方法专门计算吸收谱的,比如QM

这位兄弟能具体说说吗? QM是什么,之前没有用过呢
8楼2018-11-16 19:08:53
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13519130470

新虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
VMD是变分模态分解?

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9楼2018-12-24 00:06:32
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youngen2楼
2018-11-14 08:10   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
nono20093楼
2018-11-14 09:17   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
`
5305049794楼
2018-11-14 15:06   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
2018-11-15 16:01   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
yanbodr6楼
2018-11-15 19:24   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
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