应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请教 VMD进行谱计算和观察
91/1返回列表
查看: 1340  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

georgecumt

金虫 (正式写手)

[交流] 请教 VMD进行谱计算和观察

刚刚发了一个关于amber仿真步骤的长贴，都是俺心血的总结，虽然在baidu上能搜到不少，但或多或少都有些问题和小瑕疵，不如直接采用amber公司的教程，step by step，一定可以成功。 http://muchong.com/t-12879135-1
但是，MD仿真完毕，俺想用VMD进行谱(spectra)计算和观察，可是一直没有找到方法。故在此求助。

用Amber15已经进行了大肠杆菌(E.coli.)的分子动力学仿真，轨迹文件和拓扑文件，以及数据分析analysis需要的文件都已经生成。然后是采用VMD计算和观察IR Spectra，就是吸收谱。如果能用VMD计算和观察仿真后的谱，就可以与实验测得THz吸收谱进行比较了。
可是，一直不知道如何用VMD进行计算和观察，哪位仁兄用过这个功能，能够指点一二，或者哪里有tutorial之类的，可告知。谢谢。

注：论坛里之前有位好心人发了一个"VMD中文教程"，其中关于VMD的部分功能介绍地很好，但是没有谱计算方法的，稍有遗憾。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2018-11-13 23:49:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peng660

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
MD不计算电子吧？吸收谱是由分子的能带结构决定的吧？这么看的话，需要找方法专门计算吸收谱的，比如QM

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2018-11-15 22:52:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

georgecumt

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by peng660 at 2018-11-15 22:52:49
MD不计算电子吧？吸收谱是由分子的能带结构决定的吧？这么看的话，需要找方法专门计算吸收谱的，比如QM

这位兄弟能具体说说吗？ QM是什么，之前没有用过呢
赞一下 回复此楼
8楼2018-11-16 19:08:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13519130470

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
VMD是变分模态分解？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2018-12-24 00:06:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
youngen2楼
2018-11-14 08:10   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
nono20093楼
2018-11-14 09:17   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
`
5305049794楼
2018-11-14 15:06   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing5楼
2018-11-15 16:01   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
yanbodr6楼
2018-11-15 19:24   回复  
georgecumt(金币+1): 谢谢参与
， 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 georgecumt 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭