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yncuiyan木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】ME输入有机分子的问题
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在ME中没有自己研究的体系的分子，我在高斯中优化后存成MOL文件，可是ME中导入进来后所有的C上面的氢都没有了，O上面的氢却在的。mol文件应该没有问题，我导入MS和chemoffic都是正确的。请问如何解决这个问题？先谢谢各位 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 16:44 ] |
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2楼2009-04-26 18:51:03
yncuiyan
木虫 (小有名气)
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3楼2009-04-28 09:39:20
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 辛苦了 5-5 08:44
yncuiyan(金币+6,VIP+0):thank you very much ,我去试试 5-6 10:10
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yncuiyan(金币+6,VIP+0):thank you very much ,我去试试 5-6 10:10
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不好意思，回复晚了，我看了你的输入bdl文件中确实有问题，你研究的体系分子只有8个原子和7个键关系输入，见下面说明： 000005 N 1 0 -0.0025888085 0.081742883 0.097527146 14.0067 000006 C 13 0 -0.039095998 0.093171537 0.12025267 15.0345 000007 C 13 0 0.018773526 0.049707085 0.11990073 15.0345 000008 C 13 0 0.023650736 0.11752883 0.093744099 15.0345 000009 C 12 0 -0.016369522 0.067277282 0.057615012 14.0266 000010 C 12 0 0.017475367 0.053633898 0.028651863 14.0266 000011 O 1 0 -0.0021731853 0.040947437 -0.0078121424 15.9994 000012 H 0 0.019826949 0.031991333 -0.02585876 1.0079 。。。。 000405 1 2 1 000406 1 3 1 000407 1 4 1 000408 1 5 1 000409 5 6 1 000410 6 7 1 000411 7 8 1 而实际上在mol文件中有21个原子，键关系有20个。 -1.1134 -0.0238 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.9319 1.0003 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.7768 1.5144 0.7649 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.7768 1.5144 -0.7649 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.8122 0.6863 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3432 -0.7410 -1.0685 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.1357 -0.2346 -1.8265 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8213 -1.5144 -1.0483 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2475 -0.9778 -1.0841 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3432 -0.7410 1.0685 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8213 -1.5144 1.0484 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.1357 -0.2346 1.8265 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.2475 -0.9777 1.0841 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1163 0.4528 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2044 0.9928 -0.7588 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.2044 0.9928 0.7588 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0904 -0.4392 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0723 -0.9839 0.7633 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0723 -0.9839 -0.7632 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.0855 0.2878 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8122 -0.1028 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 1 6 1 0 1 10 1 0 1 14 1 0 2 3 1 0 2 4 1 0 2 5 1 0 6 7 1 0 6 8 1 0 6 9 1 0 10 11 1 0 10 12 1 0 10 13 1 0 14 15 1 0 14 16 1 0 14 17 1 0 17 18 1 0 17 19 1 0 17 20 1 0 20 21 1 0 修改方法很简单，自己编写一个小的 C程序读入mol文件，然后写入 bdl中。 当然最笨的方法可以手写输入，比较麻烦。 记住下面一行必须修改为： 000004 MDLmol 50 21 20 祝成功！ |
4楼2009-05-05 08:14:03