应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » ME/Gulp » 【求助】ME输入有机分子的问题
41/1返回列表
查看: 362  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

yncuiyan

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ME输入有机分子的问题

在ME中没有自己研究的体系的分子，我在高斯中优化后存成MOL文件，可是ME中导入进来后所有的C上面的氢都没有了，O上面的氢却在的。mol文件应该没有问题，我导入MS和chemoffic都是正确的。请问如何解决这个问题？先谢谢各位

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 16:44 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-04-20 16:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linlin1011

铁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-27 08:48
yncuiyan(金币+4,VIP+0): 4-28 07:56
ME软件有自己独特的输入格式要求，直接输入可能出现错误，我也曾经为这个烦恼过。你可以把你的bdl文件贴出来，或者发给我，我可以帮你看看。
赞一下(12人) 回复此楼
2楼2009-04-26 18:51:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yncuiyan

木虫 (小有名气)
bdl文件在此，麻烦帮我看看，C原子量为13的都是本应该有氢接在上面的，谢谢。原始的MOL文件也在里面
赞一下 回复此楼
3楼2009-04-28 09:39:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linlin1011

铁虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6,VIP+0):谢谢 辛苦了 5-5 08:44
yncuiyan(金币+6,VIP+0):thank you very much ,我去试试 5-6 10:10
不好意思，回复晚了，我看了你的输入bdl文件中确实有问题，你研究的体系分子只有8个原子和7个键关系输入，见下面说明：
000005   N 1         0   -0.0025888085     0.081742883     0.097527146  14.0067
000006   C 13        0    -0.039095998     0.093171537      0.12025267  15.0345
000007   C 13        0     0.018773526     0.049707085      0.11990073  15.0345
000008   C 13        0     0.023650736      0.11752883     0.093744099  15.0345
000009   C 12        0    -0.016369522     0.067277282     0.057615012  14.0266
000010   C 12        0     0.017475367     0.053633898     0.028651863  14.0266
000011   O 1         0   -0.0021731853     0.040947437   -0.0078121424  15.9994
000012   H           0     0.019826949     0.031991333     -0.02585876   1.0079

。。。。
000405       1         2     1
000406       1         3     1
000407       1         4     1
000408       1         5     1
000409       5         6     1
000410       6         7     1
000411       7         8     1

而实际上在mol文件中有21个原子，键关系有20个。
  -1.1134   -0.0238    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.9319    1.0003    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7768    1.5144    0.7649 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.7768    1.5144   -0.7649 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.8122    0.6863    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3432   -0.7410   -1.0685 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1357   -0.2346   -1.8265 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.8213   -1.5144   -1.0483 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2475   -0.9778   -1.0841 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3432   -0.7410    1.0685 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.8213   -1.5144    1.0484 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1357   -0.2346    1.8265 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2475   -0.9777    1.0841 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.1163    0.4528    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2044    0.9928   -0.7588 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2044    0.9928    0.7588 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0904   -0.4392    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0723   -0.9839    0.7633 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0723   -0.9839   -0.7632 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0855    0.2878    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.8122   -0.1028    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0      
  1  6  1  0      
  1 10  1  0      
  1 14  1  0      
  2  3  1  0      
  2  4  1  0      
  2  5  1  0      
  6  7  1  0      
  6  8  1  0      
  6  9  1  0      
10 11  1  0      
10 12  1  0      
10 13  1  0      
14 15  1  0      
14 16  1  0      
14 17  1  0      
17 18  1  0      
17 19  1  0      
17 20  1  0      
20 21  1  0   

修改方法很简单，自己编写一个小的 C程序读入mol文件，然后写入 bdl中。
当然最笨的方法可以手写输入，比较麻烦。
记住下面一行必须修改为：
000004   MDLmol                            50    21    20

祝成功！
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-05-05 08:14:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yncuiyan 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 26考研求调剂 +5 丶宏Sir 2026-03-13 5/250 2026-03-13 13:05 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 资源与环境 285 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:31 by houyaoxu
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭