24小时热门版块排行榜    

查看: 2468  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

1553891

新虫 (初入文坛)

[交流] pdb转换data 已有4人参与

pdb文件用vmd转换成data文件怎么才能让导出的data文件有angle和bond信息

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

乐石||

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
其实MS也好,其他软件也好,总有找不到信息的时候,因为ff数据库不可能涵盖所有。建议用Amber, 因为它只关心原子和几个原子相连,不太关心和谁相连。如果你用charmm ff的话,可以参照我写的python代码,我现在就去发这个帖子。
6楼2019-03-18 18:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

Nater1ver

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
转成xyz,用ms打开,setup,用msi2lmp转一下就有了,带-ignore参数,angle和bond的势函数自己填上

发自小木虫Android客户端
2楼2018-11-13 19:56:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luckied

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by Nater1ver at 2018-11-13 19:56:48
转成xyz,用ms打开,setup,用msi2lmp转一下就有了,带-ignore参数,angle和bond的势函数自己填上

您好,请问您说的-ignore参数是加在那里?

发自小木虫IOS客户端
3楼2019-03-07 18:01:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Nater1ver

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by luckied at 2019-03-07 11:01:04
您好,请问您说的-ignore参数是加在那里?
...

msi2lmp 文件名 -ignore,这种带-的参数其实是无所谓位置的,只要每个短语之间有空格隔开就可以了

发自小木虫Android客户端
4楼2019-03-07 23:53:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302求调剂 +6 呼呼呼。。。。 2026-03-17 6/300 2026-03-17 23:56 by 星空星月
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +8 曦熙兮 2026-03-15 8/400 2026-03-17 20:31 by xilongliang
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 10/500 2026-03-17 15:07 by 一鸭鸭哟
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +4 梨花珞晚风 2026-03-17 4/200 2026-03-17 13:38 by houyaoxu
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +5 ly3471z 2026-03-13 5/250 2026-03-16 16:16 by 哦哦123
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123! 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
信息提示
请填处理意见