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新虫 (初入文坛)

[交流] pdb转换data 已有4人参与

pdb文件用vmd转换成data文件怎么才能让导出的data文件有angle和bond信息

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1楼 2018-11-13 09:51:25
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乐石||

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
其实MS也好，其他软件也好，总有找不到信息的时候，因为ff数据库不可能涵盖所有。建议用Amber, 因为它只关心原子和几个原子相连，不太关心和谁相连。如果你用charmm ff的话，可以参照我写的python代码，我现在就去发这个帖子。
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6楼2019-03-18 18:09:57
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
转成xyz，用ms打开，setup，用msi2lmp转一下就有了，带-ignore参数，angle和bond的势函数自己填上

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2楼2018-11-13 19:56:48
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luckied

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by Nater1ver at 2018-11-13 19:56:48
转成xyz，用ms打开，setup，用msi2lmp转一下就有了，带-ignore参数，angle和bond的势函数自己填上

您好，请问您说的-ignore参数是加在那里？

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3楼2019-03-07 18:01:04
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by luckied at 2019-03-07 11:01:04
您好，请问您说的-ignore参数是加在那里？
...

msi2lmp 文件名 -ignore，这种带-的参数其实是无所谓位置的，只要每个短语之间有空格隔开就可以了

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4楼2019-03-07 23:53:47
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