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龙之心

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问我的模拟结果为什么大都只有两个yes?

我用Gaussian03来模拟两三个有机小分子之间的反应,想进行机理的计算。而且也有相似的文献报道。我只是把文献中的结构稍微改变了一下,用于我的体系中。
但是模拟出来的结果大多数都是  力符合,两个yes,而位移不符合,都是no,
把步长改为1以后出来的结果还是一样。请问这是为什么啊?有什么好的解决办法或者技巧吗?谢谢大家。
初学者提问,勿拍板砖,呵呵。
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chemistry
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

★ ★ ★ ★ ★
龙之心(金币+2,VIP+0):谢谢,请问把步长改变为1以后还没有好的结果,再继续优化吗? 4-20 14:33
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 4-20 16:34
继续计算,不要中断,这可能是唯一的办法。位移较大而力很小,说明体系的势能面非常的平坦。没做过计算的人总希望“一夜之间”就出结果,这是不现实的,大凡高要求的计算,其优化时间通常都是很长的,比如说,单体系需要数十天的计算量。
愿好运与快乐伴随你!
2楼2009-04-20 11:04:50
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
龙之心(金币+1,VIP+0):谢谢。 4-20 14:37
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 4-20 16:34
在出现两个Yes构型的基础上继续优化
3楼2009-04-20 11:36:34
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★
龙之心(金币+1,VIP+0):谢谢,已经用上Calcfc了。 4-20 14:38
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢建议 4-20 16:34
这样的体系是很好收敛的体系,你用Calcfc或calcall试一下。
4楼2009-04-20 14:31:51
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zhangwc5020

银虫 (小有名气)

消息

★ ★ ★ ★
龙之心(金币+2,VIP+0):谢谢。 4-21 15:45
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-22 11:39
前两项收敛,在高斯的计算中是允许的,只要出现Optimization completed就行
5楼2009-04-21 10:48:04
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zzhenry

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
龙之心(金币+2,VIP+0):很详细,谢谢。 4-21 15:45
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-22 11:39
Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000013     0.000450     YES
RMS     Force            0.000004     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.010966     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.002075     0.001200     NO

我做了优化加频率 没有虚频 最后也只有两个yes。 看书上说,只有前两个yes是允许的,这种对于大分子比较常见。
6楼2009-04-21 11:07:05
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

★ ★ ★ ★
龙之心(金币+2,VIP+0):谢谢。2个yes,2个no的情况下,一般也是Normal termination,但是没有显示Optimization completed,只显示了Optimization completed on the basis of negligible forces。而只有4个yes的情况下才显示Optimization completed。请问这样可以吗?呵呵。 4-23 09:22
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-24 19:28
在优化结构的时候是要求四个收敛标准都要达到的。否则文件也不会正常结束。
而在计算频率的时候,出现前两个收敛标准yes后两个收敛标准no的情况文件也能够正常结束。只要文件是正常结束的,我觉得就应该是计算成功,可以进行后续工作,不必再此多纠缠。
乐观、执着、勤奋
7楼2009-04-22 22:40:02
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yutian2621

新虫 (初入文坛)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-11 17:40
我也遇到过这种情况  不过没太大影响 只要出现 Optimization completed  就OK   

你可以看看上一步  有可能上一步会出现4个yes  并且Optimization completed
8楼2009-05-11 10:31:48
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