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baochengY

铁虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS如何建圆柱模型?已有1人参与

我想建一个如图1所示的圆柱镁单晶纳米线模型,用的命令是:
units                  metal
boundary          s s p
atom_style          atomic
region                  mybox cylinder z 0 0 15 0 50
lattice                  hcp 3.209
create_box          1 mybox
create_atoms          1 box
mass     1 24
#define group
region         lower cylinder z 0 0 15 INF 5 units lattice
region   upper cylinder z 0 0 15 45 INF units lattice
group         lower region lower
group         upper region upper
group         boundary union lower upper
group    mobile subtract all boundary;
但是最后结果是图2那样,不知道到底哪里错了?请各位指点一下,先谢谢了

LAMMPS如何建圆柱模型?
图1.png


LAMMPS如何建圆柱模型?-1
图2.png
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luyaobao

木虫 (著名写手)

把圆柱外面的用delete_atoms 删掉就好了

发自小木虫Android客户端
2楼2018-11-12 22:25:07
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Nater1ver

木虫 (正式写手)

你的create_atoms在前面,你的原子填都填了,建立区域还有什么意义

发自小木虫Android客户端
3楼2018-11-13 09:06:20
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mysterpro

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
creat_box 只能建 prism盒子,使用圆柱的region会自动转化。所以不要使用box来creat_atom,用你定义的region:create_atoms 1 region  mybox
4楼2018-11-13 16:34:31
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baochengY

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mysterpro at 2018-11-13 16:34:31
creat_box 只能建 prism盒子,使用圆柱的region会自动转化。所以不要使用box来creat_atom,用你定义的region:create_atoms 1 region  mybox

你好,谢谢!
那意思是这行命令删除吧create_box          1 mybox
5楼2018-11-14 08:39:50
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baochengY

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Nater1ver at 2018-11-13 09:06:20
你的create_atoms在前面,你的原子填都填了,建立区域还有什么意义

你好,感谢回复,但是没明白你的意思,我的create_atoms建立区域后面呀
6楼2018-11-14 09:11:51
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Nater1ver

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by baochengY at 2018-11-14 02:11:51
你好,感谢回复,但是没明白你的意思,我的create_atoms建立区域后面呀...

就用union来create_atoms然后放在最后,用法看手册

发自小木虫Android客户端
7楼2018-11-14 09:37:38
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baochengY

铁虫 (小有名气)

已成功解决,通过这个命令就可以:
units                  metal
boundary          s s p
atom_style          atomic
lattice                  hcp 3.209
region                  mybox cylinder z 1 1 15 0 60
create_box        3 mybox
create_atoms          1 region mybox
希望可以帮助到别人
8楼2018-11-14 10:24:45
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材加小刘

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by baochengY at 2018-11-14 10:24:45
已成功解决,通过这个命令就可以:
units                  metal
boundary          s s p
atom_style          atomic
lattice                  hcp 3.209
region                  mybox cylinder z 1 1 15 0 60
create_box        3 mybox
create_atoms          1 regi ...

为什么要create 3 box?能解释一下吗?

发自小木虫Android客户端
9楼2018-12-03 14:35:39
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115926

木虫 (正式写手)

10楼2019-04-06 00:08:24
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