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挥汗如雨

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 求助双链RNA浓度测定问题

请教各位高手,我以PCR产物为模板,做完体外转录,退火形成双链RNA(dsRNA)后,加DNase和RNase进行核酶消化,降解PCR产物模板和单链RNA,然后纯化dsRNA,测定260 nm处的OD值计算合成的dsRNA浓度。

但我发现有些人是利用乙醇沉淀的方法纯化dsRNA,测定260 nm处的OD值计算合成的dsRNA浓度的,请问这样做测出的浓度合理吗?乙醇沉淀能否去除核酶消化和剩余的dNTP?如果去除不了,核酶消化和剩余的dNTP对测定的OD值是不是影响很大?这样测出的dsRNA浓度应该偏大吧?或者说如果不去除dsRNA以外的核酸片段或dNTP,测出的OD值和合成dsRNA反应前的OD值没有什么区别?如果利用过柱纯化的方法是否能去除剩余的,核酶消化和剩余的dNTP?

(乙醇沉淀方法:PCR结束后,加入0.1倍体积醋酸钠(3M,Ph5.2)和2.5倍体积的无水乙醇,冰浴10 min,12000 rpm离心10 min;轻轻倒掉上清,再加500 μl 75%乙醇洗涤。4℃,7500 rpm离心5 min,再倒掉上清,干燥沉淀;加入无菌水溶解纯化的PCR产物,紫外分光光度计测定260 nm处的吸光度,计算反应产物浓度)
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