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【讨论】CPMD画图工具大集合
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1230242&fpage=1 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1230281&fpage=1 给出了大量CPMD学习资料和视屏。 但是，对于开源软件计算出来的物质性质的表达还需要通过画图来实现， origin显然无法满足这些海量数据的处理和转化。 开此贴正是为了进一步学习和更好利用CPMD，希望大家多多捧场，踊跃发言，相互共享知识。 我先抛砖一块： 绘制轨道和密度图， Molekel，molden，或者VMD 振动频率：Molden，Molekel trajectory 可以使用traj2xyz.pl（cpmd2xyz-scripts.tar.gz中有）转化成xmol-style xyz-movie 文件，可以使用程序 Molden 或 VMD观看。 cpmd2cube，可以把DENSITY.x, ELF, LSD_ELF, SPINDEN.x, WANNIER_1.x ...等二进制文件转成Gaussian 形 cube-file格式，从而被可视化程序识别。这个命令接很多参数，从而实现不同的转换功能。 Xmol-style xyz格式的文件（GEOMETRY.xyz, TRAEJC.xyz, 或者 ION+CENTERS.xyz ） radial distribution function可以用gx.x读取TRAJEC.xyz，并用gunplot或者xmgrace画图。 |
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