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【分享】CPMD学习资料、程序下载、安装详解、
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CPMD学习资料 这几个地址是我搜集的CPMD的地址，及其相关的一些文献资料，欢迎志同道合者共同来交流！ http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/~axel.kohlmeyer/index.html http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/ http://www.cpmd.org/ 1）：进入：http://www.pci.unizh.ch/e/index.php，然后点开左边的：“Research Groups”接着点 开"Prof. Hutter",最后点开“information”。可以看到05年和02年的两个比较系统的教程。 2）：http://www.theochem.ruhr-uni-boc ... md-tutor/index.html 3）：https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/ CPMD分子动力学步骤 QQ群里沉默之沙兄弟总结的，留在此处,供大家和自己参考 1.优化波函数； 2.在目标温度下平衡一段时间； 3.在目标温度下为离子实NOSEP； 4.在目标温度下为价电子NOSEE、离子实NOSEP； 5.在目标温度下，开始产出cpmd。 [ Last edited by zxzj05 on 2009-3-21 at 16:22 ] |
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wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:44
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CPMD申请程序 非常高兴，终于申请成功了，看来人家需要审核一段时间，虽然速度很慢,但是终于成功了，高兴中............ 网页中心http://www.cpmd.org/ 1申请首先到CPMD主页上填写申请表格， 2 然后他给你发来一封邮件，要求你保证不用CPMD在原子核领域上， 3 之后你需要详细的说明你能够保证这一点,使他信服,最后才给你发过来用户名和密码 分子动力学源代码下载网址http://www.fos.su.se/physical/sasha/md_prog.html http://www.ud.infn.it/~ercolessi/md/ http://molsim.chem.uva.nl/frenkel_smit/README.html 所有程序来自《Understanding Molecular Simulations》 D. Frenkel and B. Smit 中文翻译书是《分子模拟--从算法到应用》汪文川 译 http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml#ALLENTID 所有程序来自《Computer Simulation of Liquids》 Readers should also note that we are authorised to supply the example programs originally published in the book ``Computer Simulation of Liquids'', by M.P. Allen and D.J. Tildesley (Clarendon Press, Oxford 1987). |
2楼2009-03-21 16:14:12
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wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*)谢谢，辛苦了。 3-25 21:46
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CPMD编译(一) 总结网络上CPMD的编译和自己的情况，写到这里，供大家参考；第一部分 SuSE 9.3上CPMD安裝設定(2) 5. 編譯CPMD 5.1 CPU：x86_64 compiler：PGI ./mkconfig.sh PGI-AMD64 > makefile make 若沒有錯誤了，可以看到cpmd.x的執行檔，就恭喜你，已經編譯完成。在用PGI安裝不太會有問題，會有問題通常是忘了設PGI的環境變數，而無法執行PGI 5.2 CPU：x86_64 compiler：PGI，MPICH ./mkconfig.sh PGI-AMD64-MPI > makefile vi makefile 修改23, 24行中的內容，因為CPMD是使用pgf90去compile，所以安裝的mpich也必須用pgf90 23, 24 FC = mpif77 -c -fastsse -tp k8-64 LD = mpif77 -fastsse -tp k8-64 FC = mpif90 -c -fastsse -tp k8-64 LD = mpif90 -fastsse -tp k8-64 make 若沒有使用MPICH都可以編譯的過，有用MPICH也應該沒有多少問題 5.3 CPU：x86_64 compiler：IFORT ./mkconfig.sh IFORT-AMD64 > makefile vi makefile 修改15行中的內容，現在的使用的CPU架構以苻合ia32和ia32e，所以就改p7 15 FFLAGS = -pc64 -tpp6 -O2 -unroll FFLAGS = -pc64 -tpp7 -O2 -unroll make 5.4 CPU：x86_64 compiler：IFORT，MPICH ./mkconfig.sh IFORT-AMD64-MPI > makefile vi makefile 要修改的地方同5.3，在使用FC和LD不需要修改 make 5.5 CPU：x86 compiler：PGI ./mkconfig.sh PC-PGI > makefile vi makefile 修改15行中的內容，-pc64有點語法錯要改成-pc 64 15 FFLAGS = -Mr8 -pc64 -Msignextend -Msecond_underscore FFLAGS = -Mr8 -pc 64 -Msignextend -Msecond_underscore 21-23行，要針對不同的機器挑選不同的最佳化參數，FC和LD不改還可以，但是CC的-tp px選項一定要刪除，因為gcc沒有這語法 21-23 CC = gcc -O2 -Wall -tp px FC = pgf90 -c -fast -tp px LD = pgf90 -fast -tp px CC = gcc -O2 -Wall -mcpu=pentium-m FC = pgf90 -c -fast -tp p7 LD = pgf90 -fast -tp p7 make 在compile時所用的函式庫是用PGI內附的，所以安裝上不太會有問題 5.6 CPU：x86 compiler：PGI，MPICH ./mkconfig.sh PC-PGI > makefile vi makefile 要修改的地方如5.5 修改15行中的內容，-pc64有點語法錯要改成-pc 64 15 FFLAGS = -Mr8 -pc64 FFLAGS = -Mr8 -pc 64 21-23行，要針對不同的機器挑選不同的最佳化參數以及設定FC和LD 21-23 CC = mpicc -O2 -Wall FC = mpif77 -c -fast LD = mpif77 -fast CC = mpicc -O2 -Wall -mcpu=pentium-m FC = mpif90 -c -fast -tp p7 LD = mpif90 -fast -tp p7 make 6. 測試CPMD CPMD的網站上有提供測試範例，可以下載到cpmd-test.tar.gz，這個檔同樣的是個壓縮檔，所以一樣要解壓縮 tar zxvf cpmd-test.tar.gz 解完壓縮後可以看到CPMD-test的目錄，裡面有很多個資料夾，放的都是測試檔案 cd CPMD-test 在這裡就挑kpoints的目錄 cd kpoints 裡面有很多測試檔，這裡選用si8-k8x8x8-auto.inp此輸入檔，將這個測試檔複製到/tmp底下去測試，記得SI_MT_LDA要一起複製 cp si8-k8x8x8-auto.inp SI_MT_LDA /tmp 到/tmp底下 cd /tmp 6.1 without MPICH 執行cpmd.x，後面要接輸入檔的全名，然後將輸出導到si8-k8x8x8-auto.log檔案裡 ./cpmd.x si8-k8x8x8-auto.inp >& si8-k8x8x8-auto.log 若可以執行無誤，及沒問題了 6.2 with MPICH mpirun -np 2 cpmd.x si8-k8x8x8-auto.inp >& si8-k8x8x8-auto.log 若有用MPICH的話，要藉由mpirun去執行才會達成平行運算的效果 Reference : Homepage of Axel Kohlmeyer http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/~axel.kohlmeyer/home.html CPMD Official Website http://www.cpmd.org/ 转自http://wsunccake.spaces.live.com ... B93B43420!210.entry |
3楼2009-03-21 16:14:46
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CPMD编译(二) 关键是生成Makefile文件了，在Itanium2上面使用LINUX_IA64_INTEL 需要注意的是最后出错几乎都在LAPACK上。 假设你用Intel MKL 6.1, 安装目录是/opt/mkl61，注意Makefile文件开始的一段： LFLAGS = -L/opt/intel/mkl61/lib/64 -lmkl_lapack -lmkl_i2p -lguide $(QMMM_LIBS) CFLAGS = -D__alpha CPP = /lib/cpp -P -C -traditional CPPFLAGS = -D__alpha -DPOINTER8 -DLAPACK -DFFT_DEFAULT -DALPHALINUX -DMYRINET -DLINUX_IA64_INTEL NOOPT_FLAG = CC = icc -c -O FC = ifort -O3 -tpp2 -ip -c LD = ifort -O3 -tpp2 -ip 我用的FORTRAN是8.0, 早期版本的FC和LD用efc，不用ifort 在x86系统上使用PC-IFC，但在RedHat高版本系统上会遇到另外的连接错误，解决方法是连 接g2c库，最后注意Makefile文件开始的一段： FFLAGS = -c -r8 -w90 -w95 -O3 -pc64 -xW -ip LFLAGS = -L/opt/gcc32/lib -lg2c -L/opt/intel/mkl61/lib/32 -lmkl -lmkl_lapack - lg uide -lsvml -Vaxlib $(QMMM_LIBS) CFLAGS = -c -O2 -Wall CPP = /lib/cpp -P -C -traditional CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -DLAPACK -DFFT_DEFAULT -DLINUX_IFC NOOPT_FLAG = CC = gcc FC = ifort LD = ifort 早期版本的FC和LD用ifc，不用ifort 你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.15309836.html |
4楼2009-03-21 16:15:13
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wuli8(金币+3,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:45
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CPMD编译(三) 转自http://hi.baidu.com/homeboy/blog ... ca4950f919b839.html I mainly refer to http://www.theochem.ruhr-uni-boc ... yer/cpmd-linux.html Ubuntu7.04, intel icc ifort 10.0.038, intel mkl 9.1 ./mkconfig.sh -m SRC=$PWD -DEST=/home/homeboy/cpmd-3.11 PC-IFC-P4 > makefile LFLAGS = -lsvml -Xlinker -rpath=/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -Xlinker -rpath=/opt/intel/fc/10.0.038/lib -L/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -lmkl_lapack -lmkl_p4 -lvml -lguide -Vaxlib to compile cpmd2cube ./Configure -m SRC=$PWD -DEST=/home/homeboy/cpmd-3.11 LINUX-PC-IFC-P4 FC = ifort FFLAGS = -FR -D__IFC -DFFT_DEFAULT -O -w90 -w95 -pc64 LFLAGS = -lsvml -Xlinker -rpath=/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -Xlinker -rpath=/opt/intel/fc/10.0.038/lib -L/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -lmkl_lapack -lmkl_p4 -lvml -lguide -Vaxlib LIBS = -Vaxlib |
5楼2009-03-21 16:15:38
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wuli8(金币+0,VIP+0):帮你改过来了。发的时候禁用smile就ok了 3-25 21:45
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:47
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CPMD编译(四) 操作系统SUSE10.3 酷睿CORE 2 CPU， INTEL MKL10.0 数学库 INTEL MPI 3.1编译器 IFORT 9.0 编译器 CPMD3.11 CPMD3.13 均编译通过 在SOURCE目录里运行 ./mkconfig.sh -m src='/$PWD' title='点击查看全图' onload='  rawImage(this);' onmouseover='this.style.cursor="hand";' onclick='window.open("/$PWD" ;' style="cursor:pointer" -DEST=/home/solid/cpmd-3.11 IFORT-AMD64-MPI > makefile根据CPMD MAILST提供的情况，CORE2 CPU 没有好的配置MAKEFILE文件，但可以根据AMD64的MAKEFILE IFORT-AMD64-MPI 修改 生成MAKEFILE后，修改MAKEFILE文件，主要修改两处 FFLAGS =-O2 -unroll -pc64 LFLAGS = -L/home/solid/intel/mkl/10.0.3.020/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core 如果编译没有错误则会生成CPMD.X，可以到网络上寻找例子做测试 http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/go/cpmd-tutor.html 此网址中有教程和例子供测试 下面是整个MAKEFILE #---------------------------------------------------------------------------- # Makefile for cpmd.x (plane wave electronic calculation) # Configuration: IFORT-AMD64-MPI # Creation of Makefile: Jul 21 2008 # on Linux linux-solid 2.6.22.5-31-default #1 SMP 2007/09/21 22:29:00 UTC x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux # Author: solid #---------------------------------------------------------------------------- # SHELL = /bin/sh # #--------------- Default Configuration for IFORT-AMD64-MPI --------------- SRC = . DEST = . BIN = . FFLAGS =-O2 -unroll -pc64 LFLAGS = -L/home/solid/intel/mkl/10.0.3.020/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core CFLAGS = -O2 -Wall -m64 CPP = /lib/cpp -P -C -traditional CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -DFFT_DEFAULT -DPOINTER8 -DLINUX_IFC -DPARALLEL -DMYRINET NOOPT_FLAG = CC = mpicc FC = mpiifort -c LD = mpiifort -i-static AR = ar #---------------------------------------------------------------------------- # Personal Configuration #---------------------------------------------------------------------------- SRC = /home/solid/Program/Cpmd/CPMD-3.13.1/SOURCE FC = mpiifort -c -I. -I$(SRC) #---------------------------------------------------------------------------- # End of Personal Configuration #---------------------------------------------------------------------------- CFGDEST = /home/solid/Program/Cpmd/CPMD-3.13.1 CFGMACH = IFORT-AMD64-MPI CFGQMMM = # # LIST OF FILES # [ Last edited by wuli8 on 2009-3-25 at 21:43 ] |
6楼2009-03-21 16:15:51
7楼2009-03-21 16:20:24
8楼2009-03-22 21:46:31
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