| 查看: 3905 | 回复: 18 | |||
| 【奖励】 本帖被评价10次，作者zxzj05增加金币 8.5 个 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[资源]
【分享】CPMD学习资料、程序下载、安装详解、
|
|||
|
CPMD学习资料 这几个地址是我搜集的CPMD的地址，及其相关的一些文献资料，欢迎志同道合者共同来交流！ http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/~axel.kohlmeyer/index.html http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/ http://www.cpmd.org/ 1）：进入：http://www.pci.unizh.ch/e/index.php，然后点开左边的：“Research Groups”接着点 开"Prof. Hutter",最后点开“information”。可以看到05年和02年的两个比较系统的教程。 2）：http://www.theochem.ruhr-uni-boc ... md-tutor/index.html 3）：https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd/ CPMD分子动力学步骤 QQ群里沉默之沙兄弟总结的，留在此处,供大家和自己参考 1.优化波函数； 2.在目标温度下平衡一段时间； 3.在目标温度下为离子实NOSEP； 4.在目标温度下为价电子NOSEE、离子实NOSEP； 5.在目标温度下，开始产出cpmd。 [ Last edited by zxzj05 on 2009-3-21 at 16:22 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量化,第一性,MD笔记 |
» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有8人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有22人回复
-
最失望的一年
已经有4人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有19人回复
-
请教限项目规定
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
基金申报
已经有6人回复
-
推荐一本书
已经有13人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:46
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:46
|
CPMD编译(二) 关键是生成Makefile文件了，在Itanium2上面使用LINUX_IA64_INTEL 需要注意的是最后出错几乎都在LAPACK上。 假设你用Intel MKL 6.1, 安装目录是/opt/mkl61，注意Makefile文件开始的一段： LFLAGS = -L/opt/intel/mkl61/lib/64 -lmkl_lapack -lmkl_i2p -lguide $(QMMM_LIBS) CFLAGS = -D__alpha CPP = /lib/cpp -P -C -traditional CPPFLAGS = -D__alpha -DPOINTER8 -DLAPACK -DFFT_DEFAULT -DALPHALINUX -DMYRINET -DLINUX_IA64_INTEL NOOPT_FLAG = CC = icc -c -O FC = ifort -O3 -tpp2 -ip -c LD = ifort -O3 -tpp2 -ip 我用的FORTRAN是8.0, 早期版本的FC和LD用efc，不用ifort 在x86系统上使用PC-IFC，但在RedHat高版本系统上会遇到另外的连接错误，解决方法是连 接g2c库，最后注意Makefile文件开始的一段： FFLAGS = -c -r8 -w90 -w95 -O3 -pc64 -xW -ip LFLAGS = -L/opt/gcc32/lib -lg2c -L/opt/intel/mkl61/lib/32 -lmkl -lmkl_lapack - lg uide -lsvml -Vaxlib $(QMMM_LIBS) CFLAGS = -c -O2 -Wall CPP = /lib/cpp -P -C -traditional CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -DLAPACK -DFFT_DEFAULT -DLINUX_IFC NOOPT_FLAG = CC = gcc FC = ifort LD = ifort 早期版本的FC和LD用ifc，不用ifort 你可以通过这个链接引用该篇文章:http://castep.bokee.com/viewdiary.15309836.html |
4楼2009-03-21 16:15:13
★ ★
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:44
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:44
|
CPMD申请程序 非常高兴，终于申请成功了，看来人家需要审核一段时间，虽然速度很慢,但是终于成功了，高兴中............ 网页中心http://www.cpmd.org/ 1申请首先到CPMD主页上填写申请表格， 2 然后他给你发来一封邮件，要求你保证不用CPMD在原子核领域上， 3 之后你需要详细的说明你能够保证这一点,使他信服,最后才给你发过来用户名和密码 分子动力学源代码下载网址http://www.fos.su.se/physical/sasha/md_prog.html http://www.ud.infn.it/~ercolessi/md/ http://molsim.chem.uva.nl/frenkel_smit/README.html 所有程序来自《Understanding Molecular Simulations》 D. Frenkel and B. Smit 中文翻译书是《分子模拟--从算法到应用》汪文川 译 http://www.ccp5.ac.uk/librar.shtml#ALLENTID 所有程序来自《Computer Simulation of Liquids》 Readers should also note that we are authorised to supply the example programs originally published in the book ``Computer Simulation of Liquids'', by M.P. Allen and D.J. Tildesley (Clarendon Press, Oxford 1987). |
2楼2009-03-21 16:14:12
★ ★
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*)谢谢，辛苦了。 3-25 21:46
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*)谢谢，辛苦了。 3-25 21:46
|
CPMD编译(一) 总结网络上CPMD的编译和自己的情况，写到这里，供大家参考；第一部分 SuSE 9.3上CPMD安裝設定(2) 5. 編譯CPMD 5.1 CPU：x86_64 compiler：PGI ./mkconfig.sh PGI-AMD64 > makefile make 若沒有錯誤了，可以看到cpmd.x的執行檔，就恭喜你，已經編譯完成。在用PGI安裝不太會有問題，會有問題通常是忘了設PGI的環境變數，而無法執行PGI 5.2 CPU：x86_64 compiler：PGI，MPICH ./mkconfig.sh PGI-AMD64-MPI > makefile vi makefile 修改23, 24行中的內容，因為CPMD是使用pgf90去compile，所以安裝的mpich也必須用pgf90 23, 24 FC = mpif77 -c -fastsse -tp k8-64 LD = mpif77 -fastsse -tp k8-64 FC = mpif90 -c -fastsse -tp k8-64 LD = mpif90 -fastsse -tp k8-64 make 若沒有使用MPICH都可以編譯的過，有用MPICH也應該沒有多少問題 5.3 CPU：x86_64 compiler：IFORT ./mkconfig.sh IFORT-AMD64 > makefile vi makefile 修改15行中的內容，現在的使用的CPU架構以苻合ia32和ia32e，所以就改p7 15 FFLAGS = -pc64 -tpp6 -O2 -unroll FFLAGS = -pc64 -tpp7 -O2 -unroll make 5.4 CPU：x86_64 compiler：IFORT，MPICH ./mkconfig.sh IFORT-AMD64-MPI > makefile vi makefile 要修改的地方同5.3，在使用FC和LD不需要修改 make 5.5 CPU：x86 compiler：PGI ./mkconfig.sh PC-PGI > makefile vi makefile 修改15行中的內容，-pc64有點語法錯要改成-pc 64 15 FFLAGS = -Mr8 -pc64 -Msignextend -Msecond_underscore FFLAGS = -Mr8 -pc 64 -Msignextend -Msecond_underscore 21-23行，要針對不同的機器挑選不同的最佳化參數，FC和LD不改還可以，但是CC的-tp px選項一定要刪除，因為gcc沒有這語法 21-23 CC = gcc -O2 -Wall -tp px FC = pgf90 -c -fast -tp px LD = pgf90 -fast -tp px CC = gcc -O2 -Wall -mcpu=pentium-m FC = pgf90 -c -fast -tp p7 LD = pgf90 -fast -tp p7 make 在compile時所用的函式庫是用PGI內附的，所以安裝上不太會有問題 5.6 CPU：x86 compiler：PGI，MPICH ./mkconfig.sh PC-PGI > makefile vi makefile 要修改的地方如5.5 修改15行中的內容，-pc64有點語法錯要改成-pc 64 15 FFLAGS = -Mr8 -pc64 FFLAGS = -Mr8 -pc 64 21-23行，要針對不同的機器挑選不同的最佳化參數以及設定FC和LD 21-23 CC = mpicc -O2 -Wall FC = mpif77 -c -fast LD = mpif77 -fast CC = mpicc -O2 -Wall -mcpu=pentium-m FC = mpif90 -c -fast -tp p7 LD = mpif90 -fast -tp p7 make 6. 測試CPMD CPMD的網站上有提供測試範例，可以下載到cpmd-test.tar.gz，這個檔同樣的是個壓縮檔，所以一樣要解壓縮 tar zxvf cpmd-test.tar.gz 解完壓縮後可以看到CPMD-test的目錄，裡面有很多個資料夾，放的都是測試檔案 cd CPMD-test 在這裡就挑kpoints的目錄 cd kpoints 裡面有很多測試檔，這裡選用si8-k8x8x8-auto.inp此輸入檔，將這個測試檔複製到/tmp底下去測試，記得SI_MT_LDA要一起複製 cp si8-k8x8x8-auto.inp SI_MT_LDA /tmp 到/tmp底下 cd /tmp 6.1 without MPICH 執行cpmd.x，後面要接輸入檔的全名，然後將輸出導到si8-k8x8x8-auto.log檔案裡 ./cpmd.x si8-k8x8x8-auto.inp >& si8-k8x8x8-auto.log 若可以執行無誤，及沒問題了 6.2 with MPICH mpirun -np 2 cpmd.x si8-k8x8x8-auto.inp >& si8-k8x8x8-auto.log 若有用MPICH的話，要藉由mpirun去執行才會達成平行運算的效果 Reference : Homepage of Axel Kohlmeyer http://www.theochem.ruhr-uni-bochum.de/~axel.kohlmeyer/home.html CPMD Official Website http://www.cpmd.org/ 转自http://wsunccake.spaces.live.com ... B93B43420!210.entry |
3楼2009-03-21 16:14:46
★ ★ ★
wuli8(金币+3,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:45
wuli8(金币+3,VIP+0):(*^__^*) 3-25 21:45
|
CPMD编译(三) 转自http://hi.baidu.com/homeboy/blog ... ca4950f919b839.html I mainly refer to http://www.theochem.ruhr-uni-boc ... yer/cpmd-linux.html Ubuntu7.04, intel icc ifort 10.0.038, intel mkl 9.1 ./mkconfig.sh -m SRC=$PWD -DEST=/home/homeboy/cpmd-3.11 PC-IFC-P4 > makefile LFLAGS = -lsvml -Xlinker -rpath=/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -Xlinker -rpath=/opt/intel/fc/10.0.038/lib -L/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -lmkl_lapack -lmkl_p4 -lvml -lguide -Vaxlib to compile cpmd2cube ./Configure -m SRC=$PWD -DEST=/home/homeboy/cpmd-3.11 LINUX-PC-IFC-P4 FC = ifort FFLAGS = -FR -D__IFC -DFFT_DEFAULT -O -w90 -w95 -pc64 LFLAGS = -lsvml -Xlinker -rpath=/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -Xlinker -rpath=/opt/intel/fc/10.0.038/lib -L/opt/intel/mkl/9.1/lib/32/ -lmkl_lapack -lmkl_p4 -lvml -lguide -Vaxlib LIBS = -Vaxlib |
5楼2009-03-21 16:15:38