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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 内参引物设计
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虫子739

铁虫 (小有名气)

[交流] 内参引物设计

由于不知道苔藓的那几种内参的序列，就用其他几种植物比较设计的内参引物，设计了三对，actin,tublin和18S。pcr结果很差，要么没条带，要么条带很淡。请问高手，你们在遇到这种情况的时候，是怎么设计出高质量的内参的？谢谢！
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1楼 2009-04-17 12:27:18
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
根据保守区重新设计引物
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漫洒英雄泪，相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行？一任俺芒鞋破钵随缘化！
2楼2009-04-17 13:37:10
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虫子739

铁虫 (小有名气)
请问怎样才能知道这个基因的保守区？
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3楼2009-04-17 17:31:42
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chuan2388

金虫 (小有名气)
先在genebank中找到情缘相近的物种的基因序列，对这些序列做clast，于是就可以找到保守性强的区域，根据保守序列就可以设计出通用引物，p出包含你要的基因序列，再通过测序后设计新的引物，从而就可以p出你要的基因序列了。
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把时间都浪费在自己身上吧！
4楼2009-04-20 21:18:21
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虫子739

铁虫 (小有名气)
谢谢！~我就是这样设计的，可是PCR效果很差！也许是小片段的PCR条件还不合适，也许是选择的几个物种差异太大，没找到合适的保守区。总之，结果不尽人意
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5楼2009-04-29 16:13:11
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