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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】MS进行能量最小化后如何输出晶体中各原子的坐标
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linlin1011

铁虫 (正式写手)

[交流] 【求助】MS进行能量最小化后如何输出晶体中各原子的坐标

如题，本人刚接触MS，想问各位大牛，如何将原子坐标输出？
我试了File下Export命令，但是里面没有对应的文件后缀。
请问，有什么好的方法可以解决，最好输出mol格式的文件。

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 17:04 ]
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1楼 2009-04-16 22:21:00
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★ ★ ★
linlin1011(金币+1,VIP+0):谢谢你的回复。 4-16 22:40
qasd(金币+2):谢谢~
我试了一下，MOL格矢好像不能输出周期性坐标，只能输出分子坐标。
如果你是周期性固体，可以点中原子，在左下角的properties explorer
中可以显示选中原子的分数坐标。
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2楼2009-04-16 22:34:09
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linlin1011

铁虫 (正式写手)
回楼上：
这个一个个的看，岂不是太费劲了。已经用这个办法了，不光能显示原子的分数坐标，还能显示原子的实坐标。
但是觉得费事，就想问问有没有更方便的操作。
Anyway, thanks a lot.
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3楼2009-04-16 22:40:21
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yzcluster

金虫 (著名写手)

小木虫扫盲人
★
linlin1011(金币+1,VIP+0):thanks a lot. 4-16 22:54
我又试了一下，你可以先保存成PDB格式，然后用记事本打开这个文件，可以得到晶格格矢的长度和格矢间的夹角，以及相对坐标。
一个例子如下

CRYST1   10.000   10.000   10.000  90.00  90.00  90.00 PM-3M
ATOM      1 Mn   MOL     2       0.000   0.000   0.000  1.00  0.00          Mn   
ATOM      2 Ga   MOL     2       0.000   5.000   0.000  1.00  0.00          Ga   
ATOM      3 Mn   MOL     2       0.000   5.000   5.000  1.00  0.00          Mn   
ATOM      4 Ni   MOL     2       5.000   5.000   5.000  1.00  0.00          Ni   
ATOM      5 Ni   MOL     2       2.500   2.500   2.500  1.00  0.00          Ni
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4楼2009-04-16 22:48:04
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vbaov

木虫 (著名写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢 4-17 16:55
在你计算的结果里面有，你只要把这些数据复制下来就可以得到
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5楼2009-04-17 11:07:49
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kejecx

金虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
楼上的, 能不能讲的更具体些
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6楼2009-07-29 16:42:44
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kejecx

金虫 (初入文坛)
计算结果指的是什么文件, 好像跑完动力学后的输出结果都看不到原子坐标
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7楼2009-07-29 16:44:06
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positron

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顶啊，前辈能具体说说怎么提取原子的坐标么？

分子坐标看着不知怎么下手画图啊
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8楼2009-07-30 03:55:22
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positron

木虫 (职业作家)
如果有几十个原子的，该怎么得到这些原子的XYZ的坐标呢？
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9楼2009-07-30 03:57:08
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positron

木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我还是发金币奖励一下大家

新开一贴得啦
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10楼2009-07-30 04:56:47
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