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【求助】原帖修改求助（3楼）：小分子在膜中扩散FFV探针选择问题
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我做的是小分子在高分子中的扩散，我看文献amorphous cell进行能量最小化后需要经过如下几个步骤：（1）结构的弛豫（Relaxing）；（2）退火过程（Annealing Procedure） ；（3）压缩与解压过程（Compressions-decompressions. 目前存在如下几个问题：（1）结构弛豫是不是用NVT系综进行动力学平衡，如果还需要的话应该进行什么步骤？ （2）Relaxing和Annealing 过程先后顺序有什么讲究，目前我是把annealing步骤放在能量最小化之前，不知是否可行？ （3）Compressions-decompressions过程是如何实现的，我在帮助文件里面搜了半天没找着  ，哪位大虾帮忙解决这个低级问题，谢谢了。（4）我看了帮助文件里面小分子在高分子中的扩散动力学用的是NVE系综，好想这个系综基本上不用了，是不是需要改用NPT系综进行。 小弟先行拜谢了，呵呵。 [ Last edited by zdhlover on 2009-11-16 at 13:41 ] |
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