[交流] 【求助】重叠布局数说明了什么，从哪里看出来呢

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1楼 2009-04-13 15:52:10

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wzpwzp

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 4-20 17:17

简单通俗地说，重叠布居的大小可以说明原子间结合力度大小，值越大，结合力越大。（当然，从布居电荷角度讲，又可利用它说明体系的微观反应活性）

2楼2009-04-14 08:32:24

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minmin_0082003

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那从输出文件里面那一部分是呢，又该怎么分析呢

3楼2009-04-14 17:00:44

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wzpwzp

金虫 (小有名气)

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★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):能更具体吗？会有更多惊喜！ 4-24 16:52

输出文件好象在总能量(Total Eergy)的结果之后；电荷数的前面。如果体系较大，输出文件会篇幅很大，那就要弄清原子编号，然后对应地自己找到您想知道的两个原子间的布居数。

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4楼2009-04-24 16:40:38

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wzpwzp

金虫 (小有名气)

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★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 4-27 08:53

把你的输出文件中关于“population”的部分给出来，对应着跟您将比较好。我最近不常上木虫，您也不需给我金币。

5楼2009-04-25 20:46:55

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minmin_0082003

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Natural Bond Orbitals (Summary):

                                                         Principal Delocalizations
         NBO                      Occupancy Energy (geminal,vicinal,remote)
====================================================================================
Molecular unit  1  (C4H6F3OPPt)
   1. BD ( 1)Pt 1 - C 2       1.95484 -0.34522  33(v),144(g),145(g),56(g)
                                                149(v),150(v),156(v),154(v)
                                                70(v)
   2. BD ( 1)Pt 1 - P 9       1.99128 -0.48435  33(r),144(g),155(g),145(g)
                                                154(g),156(g)
   3. BD ( 1) C 2 - C 3       1.98307 -0.70534  33(g),145(v),144(g),153(v)
                                                149(g),75(v),150(g),147(g)
                                                148(g)
   4. BD ( 1) C 2 - H 6       1.98654 -0.53930  149(v),144(g),68(v),145(v)
                                                146(g),66(v)
   5. BD ( 1) C 2 - H 7       1.98613 -0.53433  150(v),67(v),145(v),144(g)
                                                146(g)
   6. BD ( 1) C 3 - C 4       1.98195 -0.68924  145(r),33(g),146(g),147(v)
                                                151(g),158(v),108(v),57(v)
                                                84(v),150(g)
   7. BD ( 1) C 3 - H 8       1.97517 -0.54094  145(r),151(v),33(g),148(v)
                                                146(g),57(v),76(v),152(v)
   8. BD ( 1) C 4 - O 5       1.99550 -1.09403  149(g),75(g),150(v)
   9. BD ( 2) C 4 - O 5       1.97280 -0.38856  33(v),159(v),157(v)
10. BD ( 1) C 4 - C  13       1.98836 -0.68047  146(v),66(v),84(v)
11. BD ( 1) P 9 - H  10       1.99432 -0.49621  156(g),155(g)
12. BD ( 1) P 9 - H  11       1.99269 -0.49666  144(v),154(g),156(g)
13. BD ( 1) P 9 - H  12       1.99439 -0.49614  154(g),155(g)
14. BD ( 1) C  13 - F  14       1.99375 -1.03478  159(g),158(g),109(g),152(v)
                                                151(v)
15. BD ( 1) C  13 - F  15       1.99480 -1.06335  149(v),157(g),159(g),108(g)
                                                110(g)
16. BD ( 1) C  13 - F  16       1.99346 -1.03420  157(g),152(v),158(g),109(g)
17. CR ( 1)Pt 1                1.99819 -3.82240  33(r),144(g),145(g),156(v)
                                                154(v),155(v)
18. CR ( 2)Pt 1                1.99812 -2.10516  33(r),145(g)
19. CR ( 3)Pt 1                1.99544 -2.10450  144(g),33(r)
20. CR ( 4)Pt 1                1.99874 -2.09322  33(r)
21. CR ( 1) C 2                1.99916 -10.08796  66(v),144(g),33(v),145(v)
                                                94(v),93(v),149(v),150(v)
                                                146(g)
22. CR ( 1) C 3                1.99898 -10.07579  33(g),145(r),59(v),76(v)
                                                95(v),151(v),146(g)
23. CR ( 1) C 4                1.99899 -10.16979  110(v),68(v)
24. CR ( 1) O 5                1.99972 -18.88436  75(v),149(v)
25. CR ( 1) C  13                1.99916 -10.34991  153(g),76(v),159(g),157(g)
                                                158(g)
26. CR ( 1) F  14                1.99990 -24.44636  109(v),108(v),110(v)
27. CR ( 1) F  15                1.99990 -24.44090  108(v),110(v)
27. CR ( 1) F  15                1.99990 -24.44090  108(v),110(v)
28. CR ( 1) F  16                1.99990 -24.44810  109(v),108(v),110(v)
29. LP ( 1)Pt 1                1.99524 -0.23895  33(r)
30. LP ( 2)Pt 1                1.98503 -0.24219  33(r),97(v),98(v),104(v)
                                                100(v),101(v),156(v),144(g)
                                                67(r),52(g),99(v),55(g)
                                                102(v),154(v)
31. LP ( 3)Pt 1                1.95133 -0.26678  33(r),155(v),97(v),101(v)
                                                100(v),99(v),104(v),144(g)
                                                58(v),52(g),55(g),50(g)
                                                46(g),67(r),102(v)
32. LP ( 4)Pt 1                1.92029 -0.25704  154(v),156(v),33(r),96(v)
                                                152(r),150(r),149(r),147(v)
                                                148(v)
33. LP ( 1) C 3                1.14344 -0.19163  144(v),145(r),152(v),146(g)
                                                58(v),56(r),147(v),148(v)
                                                103(r),67(g),77(v)
34. LP ( 1) O 5                1.97929 -0.69146  75(v),149(v),153(v)
35. LP ( 2) O 5                1.87511 -0.26964  153(v),149(v),78(v),77(v)
                                                76(v),33(r),157(r)
36. LP ( 1) F  14                1.98879 -1.07055  109(v),108(v),110(v),111(v)
37. LP ( 2) F  14                1.94567 -0.42673  153(v),158(v),159(v),110(v)
                                                152(r),112(v)
38. LP ( 3) F  14                1.93147 -0.42550  159(v),158(v),108(v),113(v)
39. LP ( 1) F  15                1.98876 -1.05465  108(v),110(v),111(v)
40. LP ( 2) F  15                1.94219 -0.42228  153(v),157(v),159(v),110(v)
                                                114(v),149(r),113(v)
41. LP ( 3) F  15                1.92498 -0.42238  159(v),157(v),109(v),112(v)
42. LP ( 1) F  16                1.98747 -1.07037  109(v),108(v),110(v)
43. LP ( 2) F  16                1.94265 -0.42581  153(v),158(v),157(v),152(r)
                                                110(v),112(v)
44. LP ( 3) F  16                1.93172 -0.42498  157(v),158(v),108(v),113(v)
45. RY*( 1)Pt 1                0.00247    0.40047
46. RY*( 2)Pt 1                0.00160    0.98258
47. RY*( 3)Pt 1                0.00137    0.41152
48. RY*( 4)Pt 1                0.00095    0.52569
49. RY*( 5)Pt 1                0.00072    0.48012
50. RY*( 6)Pt 1                0.00053    0.56942
51. RY*( 7)Pt 1                0.00044    0.55326
52. RY*( 8)Pt 1                0.00041    1.36888
53. RY*( 9)Pt 1                0.00019    0.47612
54. RY*(  10)Pt 1                0.00019    0.54174
55. RY*(  11)Pt 1                0.00010    1.13597
56. RY*(  12)Pt 1                0.00004    3.24097
57. RY*( 1) C 2                0.00449    1.03403
58. RY*( 2) C 2                0.00325    0.79435
59. RY*( 3) C 2                0.00116    0.69650
60. RY*( 4) C 2                0.00066    1.80186
61. RY*( 5) C 2                0.00033    1.71027
62. RY*( 6) C 2                0.00012    1.05041
63. RY*( 7) C 2                0.00006    2.06429
64. RY*( 8) C 2                0.00005    1.93397
65. RY*( 9) C 2                0.00002    2.06653
......
144. BD*( 1)Pt 1 - C 2       0.46026 -0.07801  33(v),145(g),56(g),58(g)
                                                59(g),47(g),155(v),67(v)
                                                146(g),45(g)
145. BD*( 1)Pt 1 - P 9       0.32677    0.08113  33(r),56(g),144(g),97(g)
                                                104(g),98(g),103(g),54(g)
                                                100(g),101(g),53(g),47(g)
                                                45(g),51(g),99(g),49(g)
146. BD*( 1) C 2 - C 3       0.01154    0.50192
147. BD*( 1) C 2 - H 6       0.01081    0.46869
148. BD*( 1) C 2 - H 7       0.01467    0.47416
149. BD*( 1) C 3 - C 4       0.06388    0.43418
150. BD*( 1) C 3 - H 8       0.01782    0.47134
151. BD*( 1) C 4 - O 5       0.01203    0.59687
152. BD*( 2) C 4 - O 5       0.15861    0.00266  33(v),159(v),157(v),80(g)
                                                85(g)
153. BD*( 1) C 4 - C  13       0.11779    0.31890  111(g),79(g),150(v),76(g)
                                                146(v)
154. BD*( 1) P 9 - H  10       0.03944    0.24645
155. BD*( 1) P 9 - H  11       0.04083    0.24490
156. BD*( 1) P 9 - H  12       0.03908    0.24571
157. BD*( 1) C  13 - F  14       0.10633    0.21231  109(g),152(v),115(g),159(g)
这都是什么意思呢？？？？

6楼2009-04-27 11:11:57

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wzpwzp

金虫 (小有名气)

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lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 4-28 08:41

这个应该不是普通选项的“population analysis”的部分，你做了全自然轨道总密度（布居）分析，更准确地说应该是“完全的自然键轨道分析”。输出部分简单地看，所有的BD算出的第一个数字应该是原子间键的布居数，后面的可能分别是与该原子配对的、邻近的和弱作用力的轨道能量吧。我不清楚您做计算的目的，如果只是想知道微观例子间作用力或电荷密度，做NBO似乎没太多必要，做一个常规的population分析可能结果还好解析一些。
另外，我有相当一段时间没用Gaussian了，我的意见只能做参考，您可能需要多看您自己领域里的文献，特别是国外文献中有的附件部分（不会出现在文章中，但在刊物网站上找得到），可能会阐述细节。

7楼2009-04-27 16:10:16

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minmin_0082003

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Population analysis using the SCF density.

**********************************************************************

Orbital symmetries:
   Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
   Virtual (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A)
The electronic state is 1-A.
Alpha  occ. eigenvalues -- -3.07502  -1.89558  -1.89108  -1.84306  -0.73178
Alpha  occ. eigenvalues -- -0.67547  -0.67168  -0.41982  -0.41498  -0.41403
Alpha  occ. eigenvalues -- -0.41284  -0.38628  -0.32313  -0.32292  -0.28156
Alpha  occ. eigenvalues -- -0.28045  -0.22906  -0.22514  -0.19750  -0.18774
Alpha virt. eigenvalues -- -0.10058  -0.01571  -0.00496 0.00175 0.03679
Alpha virt. eigenvalues -- 0.04089 0.04320 0.04870 0.05728 0.12519
Alpha virt. eigenvalues -- 0.14648 0.17367 0.18346 0.24597 0.32794
Alpha virt. eigenvalues -- 0.34681 0.35365 0.36877 0.37029 0.37526
Alpha virt. eigenvalues -- 0.39747 0.40176 0.41842 0.42984 0.44009
Alpha virt. eigenvalues -- 0.48428 0.54138 0.55755 0.57476 0.59109
Alpha virt. eigenvalues -- 0.60811 0.61055 0.61990 0.70763 0.73115
Alpha virt. eigenvalues -- 0.73262 0.73939 0.76536 0.82318 0.84438
Alpha virt. eigenvalues -- 0.87341 0.88660 0.91677 0.96358 0.96680
Alpha virt. eigenvalues -- 1.12107 1.12214 1.13618 1.14705 3.07854
Alpha virt. eigenvalues -- 8.80442  11.99276  14.35468
      Condensed to atoms (all electrons):
            1       2       3       4       5       6
   1  Rh  16.500493 0.205139 0.161879  -0.009434  -0.009336  -0.005503
   2  Cl 0.205139 7.126911  -0.001735  -0.001039  -0.001010 0.000324
   3  P 0.161879  -0.001735 4.072983 0.353886 0.353647 0.335792
   4  H -0.009434  -0.001039 0.353886 0.544565  -0.019881  -0.016786
   5  H -0.009336  -0.001010 0.353647  -0.019881 0.545180  -0.016814
   6  H -0.005503 0.000324 0.335792  -0.016786  -0.016814 0.593185
   7  P 0.161918  -0.001746  -0.023018 0.000057 0.000057 0.000055
   8  H -0.005500 0.000326 0.000055 0.000000 0.000000 0.000000
   9  H -0.009340  -0.001013 0.000057 0.000000  -0.000001 0.000000
10  H -0.009440  -0.001045 0.000057  -0.000001 0.000000 0.000000
            7       8       9       10
   1  Rh 0.161918  -0.005500  -0.009340  -0.009440
   2  Cl  -0.001746 0.000326  -0.001013  -0.001045
   3  P -0.023018 0.000055 0.000057 0.000057
   4  H 0.000057 0.000000 0.000000  -0.000001
   5  H 0.000057 0.000000  -0.000001 0.000000
   6  H 0.000055 0.000000 0.000000 0.000000
   7  P 4.072870 0.335764 0.353659 0.353893
   8  H 0.335764 0.593232  -0.016813  -0.016782
   9  H 0.353659  -0.016813 0.545165  -0.019881
10  H 0.353893  -0.016782  -0.019881 0.544523
那这个是不是普通的分析
我是在论文中看到有人做布局分析来确定是否成键，以及成键的程度，分析成键的时候大部分是这样说的“1与2的键逐渐形成，布局数增加”
举一个论文上的例子
是各个中间态的成键的重叠布局数。原子Co跟C之间的
      R1       TS1-2    R2          R3       TS3-4    R4
Co-C ~          ~       0.0945    0.1463 0.3159       0.1216

我想知道的就是这几个数据到底是输出文件的哪些个呢？？？

8楼2009-04-28 10:24:07

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我也不会分析这个，学习来了

人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……

9楼2009-04-28 10:31:31

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 4-29 08:55

Alpha occ. eigenvalues 是占据轨道能量；Alpha virt. eigenvalues 是空轨道能量值。Condensed to atoms (all electrons)的结果非常清晰，可以看待任意两个原子间的重叠布居数，例如：3号P原子和10号H原子间的布居数是0.000057。