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baox1991955

铜虫 (小有名气)

[交流] 溶剂水没加氢如何画氢键(diamond)

我最近想画个氢键堆积图,可是溶剂水没加氢,用diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊?急啊!!!! 先谢各位指点啦!!

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[ Last edited by 帝夫 on 2011-3-23 at 16:53 ]
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paopaomeng

铁杆木虫 (著名写手)

先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把O-O之间用虚线连起来就可以了
经历了“删除门”,有点晕!
2楼2009-04-11 21:26:30
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liutaone

木虫 (正式写手)


支持版主
3楼2009-04-11 21:45:28
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alusia

金虫 (正式写手)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢 4-13 19:03
不加H直接连接O。。。O键容易被审稿人质疑的。最好还是想办法加加H
思念
4楼2009-04-11 22:02:43
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baox1991955

铜虫 (小有名气)

给溶剂水加氢怎么加呢,似乎很复杂似的啊,高手能否再指点一下呢
5楼2009-04-12 10:23:37
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zhailaisheng

荣誉版主 (著名写手)

给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的
6楼2009-04-12 10:40:43
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goodluck2781

金虫 (小有名气)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢 4-13 19:04
我都是参照文献的氢键数值,直接在Diamond里设定D...A距离然后连接。
实在想做的完美,可以在解析结构时,使用envi X 2,找出原子X周围较为合理的H,然后将其固定,后者先在Diamond里找出形成氢键D...A的原子对,然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy,并将Dummy定义为H,然后对H进行固定,这样可能就合适了。
      尝试一下吧,祝你好运!
7楼2009-04-12 19:03:41
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alusia

金虫 (正式写手)

具体的情况很复杂,加H的技巧很多,实在一言难尽。
思念
8楼2009-04-12 22:17:27
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baox1991955

铜虫 (小有名气)

太感谢各位的热心帮忙啦
9楼2009-04-15 12:57:14
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