24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 329  |  回复: 5
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

200702010

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】discover 动力学问题(希望各位高手不吝赐教)

问题有点多,估计解释起来也麻烦,实在是不会了,请大侠们耐心指教,大恩不言谢了,好人一定会有好报的!
请问discover 跑动力学之前建盒子的时候,在没有文献值的情况下,密度目标值应该怎么取?还有就是密度初值的选择有什么原则或窍门没有?
文献称在缺乏实验数据时,利用‘合适的势能模型’,可预测物质的密度和自扩散系数,也给出了水的势能模型(spc),可是我看不懂这跟我做MD的过程有什么关系,势能模型怎么用啊?

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 17:11 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! 期待更多讨论! 4-13 21:59
200702010(金币+2,VIP+0):xiexie 4-14 10:53
陈正隆的分子模拟
牛津大学出版社那本液体模拟
6楼2009-04-13 21:51:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
200702010(金币+2,VIP+0):谢谢 4-11 16:08
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! 期待更多讨论! 4-13 21:59
密度选小一些,然后用npt 系综调节密度。
一来不可能知道模拟的初始条件,只能用较小密度较高温度快速达到平衡
而来即使模拟到达平衡,最终得到的密度,也不会与实验值完全一致
2楼2009-04-11 15:53:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200702010

金虫 (正式写手)

其实我是有点数据的,用实验值做目标值算过一遍
但是导师说没有数据的情况下怎么算,还说一定要实验值的话做这个就没有意义
导师没做过分子动力学的,我也才刚刚接触
一直没搞明白‘势能模型’的用途,文献中的这一部分看不懂
3楼2009-04-11 16:12:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):3ks!(*^__^*) …… 4-11 22:32
200702010(金币+2,VIP+0):xiexie 4-13 21:14
这个包括力场参数和相互作用的公式的描述
4楼2009-04-11 17:38:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见