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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】discover 动力学问题（希望各位高手不吝赐教）
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200702010

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】discover 动力学问题（希望各位高手不吝赐教）

问题有点多，估计解释起来也麻烦，实在是不会了，请大侠们耐心指教，大恩不言谢了，好人一定会有好报的！
请问discover 跑动力学之前建盒子的时候，在没有文献值的情况下，密度目标值应该怎么取？还有就是密度初值的选择有什么原则或窍门没有？
文献称在缺乏实验数据时，利用‘合适的势能模型’，可预测物质的密度和自扩散系数，也给出了水的势能模型（spc），可是我看不懂这跟我做MD的过程有什么关系，势能模型怎么用啊？

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 17:11 ]
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1楼 2009-04-11 15:27:01
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
200702010(金币+2,VIP+0):谢谢 4-11 16:08
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-13 21:59
密度选小一些，然后用npt 系综调节密度。
一来不可能知道模拟的初始条件，只能用较小密度较高温度快速达到平衡
而来即使模拟到达平衡，最终得到的密度，也不会与实验值完全一致
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2楼2009-04-11 15:53:54
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200702010

金虫 (正式写手)
其实我是有点数据的，用实验值做目标值算过一遍
但是导师说没有数据的情况下怎么算，还说一定要实验值的话做这个就没有意义
导师没做过分子动力学的，我也才刚刚接触
一直没搞明白‘势能模型’的用途，文献中的这一部分看不懂
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3楼2009-04-11 16:12:19
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):3ks!(*^__^*) …… 4-11 22:32
200702010(金币+2,VIP+0):xiexie 4-13 21:14
这个包括力场参数和相互作用的公式的描述
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4楼2009-04-11 17:38:53
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200702010

金虫 (正式写手)
谢谢两位的指教，可是我还是没完全明白，确定相互作用公式和力场有没有哪些比较容易懂的资料啊，比如说经典又容易懂的书
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5楼2009-04-13 21:20:15
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q！ 期待更多讨论！ 4-13 21:59
200702010(金币+2,VIP+0):xiexie 4-14 10:53
陈正隆的分子模拟
牛津大学出版社那本液体模拟
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6楼2009-04-13 21:51:16
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