| 查看: 385 | 回复: 0 | |||
[求助]
MD 平面膜模拟，各向异性的问题
|
|
MD仿真，对于平面膜的模拟（长方体盒结构，粗粒化模型），mdp文件参数如下： Tcoupl = Berendsen tc_grps =DPPC Protein PW_ION tau_t = 1.0 1.0 1.0 ref_t = 310 310 310 Pcoupl = Berendsen pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.2 0.2 compressibility = 3e-5 3e-5 ref_p = 1.0 1.0 未加入电场时，能够正常的运行；加入电场后，盒子变矮变宽，并报错中断，如下： Fatal error: The Z-size of the box (15.861096) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (12) times the smallest allowed cell size (1.321887) 网上说是减少并行核数，但是没啥用，我觉得可能是参数设置问题导致系统不够稳定，希望大神能帮忙看下。（附件是整个mdp文件） |
回复此楼» 猜你喜欢
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复