| 查看: 430 | 回复: 0 | ||
[求助]
MD 平面膜模拟，各向异性的问题
|
|
MD仿真，对于平面膜的模拟（长方体盒结构，粗粒化模型），mdp文件参数如下： Tcoupl = Berendsen tc_grps =DPPC Protein PW_ION tau_t = 1.0 1.0 1.0 ref_t = 310 310 310 Pcoupl = Berendsen pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.2 0.2 compressibility = 3e-5 3e-5 ref_p = 1.0 1.0 未加入电场时，能够正常的运行；加入电场后，盒子变矮变宽，并报错中断，如下： Fatal error: The Z-size of the box (15.861096) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (12) times the smallest allowed cell size (1.321887) 网上说是减少并行核数，但是没啥用，我觉得可能是参数设置问题导致系统不够稳定，希望大神能帮忙看下。（附件是整个mdp文件） |
回复此楼» 猜你喜欢
地球科学部D01口青年基金，最低几A几B几C才能有几率中呀。
已经有5人回复
-
航天502所 高瑛珂博士 婚内征婚 欺骗女性开房
已经有27人回复
-
26/27申博
已经有4人回复
-
博士申请
已经有5人回复