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pollyan

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】做表面吸附时的分子结构优化问题

请问,做吸附时,吸附分子和晶体都必须在MS中直接优化吗?
我做的吸附分子是有机物,有四五十个原子,而且是设计出的新物质,没有现成的数据可查,我应该在gaussian中优化后再导入MS?还是必须直接都在MS中优化呢?
请大家指点,谢谢!


[ Last edited by freshgirl on 2009-6-21 at 17:10 ]
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玻璃眼
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢 4-11 01:00
分别优化,放到一起再优化一次
不一定都要在MS,能用同一个方法优化当然最好了,写文章时候比较好描述
储氢家族欢迎储氢研究者!
2楼2009-04-10 18:14:06
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pollyan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zxzj05 at 2009-4-10 18:14:
分别优化,放到一起再优化一次
不一定都要在MS,能用同一个方法优化当然最好了,写文章时候比较好描述

谢谢斑竹指导
玻璃眼
3楼2009-04-10 20:49:20
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s638638

铁虫 (小有名气)

★ ★
spur(金币+2,VIP+0): 3Q!!谢谢参与!欢迎常来! 4-11 09:34
你的吸附分子那么大的话,可能会有问题哦,不知你用什么模块,吸附分子的构象,吸附位置,吸附点都需要考虑的
4楼2009-04-10 22:04:45
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pollyan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by s638638 at 2009-4-10 22:04:
你的吸附分子那么大的话,可能会有问题哦,不知你用什么模块,吸附分子的构象,吸附位置,吸附点都需要考虑的

其实我也是那个意思,因为我的吸附分子太大,我怕用MS中的优化精度不够,我打算用Castep做
玻璃眼
5楼2009-04-12 15:32:53
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spur

金虫 (正式写手)

★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 4-12 16:36
引用回帖:
Originally posted by pollyan at 2009-4-12 15:32:


其实我也是那个意思,因为我的吸附分子太大,我怕用MS中的优化精度不够,我打算用Castep做

其实castep计算的能力实在不敢恭维。建议你先用castep优化吸附分子,当然如果能用gaussian优化,当然最好。然后再估算下-比如用单原子算一下吸附位置、距离载体的距离,最后再在此基础上将分子放上去。
6楼2009-04-12 15:56:25
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pollyan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by spur at 2009-4-12 15:56:

其实castep计算的能力实在不敢恭维。建议你先用castep优化吸附分子,当然如果能用gaussian优化,当然最好。然后再估算下-比如用单原子算一下吸附位置、距离载体的距离,最后再在此基础上将分子放上去。

因为我的分子构型也是不知道的,所以我就想用Gaussian优化它,然后在用Castep去算吸附,如果这样的话,吸附分子优化采用的算法肯定和晶体不一样,而且算完吸附构型后必将与吸附分子的初始构型进行比较,这二者也是不同的算法,这样能行吗?

[ Last edited by pollyan on 2009-4-12 at 22:33 ]
玻璃眼
7楼2009-04-12 16:35:03
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pollyan

木虫 (著名写手)

哎,我都不知道怎么办了,在群里问的,人家又说必须用同种算法才行,谁来救救我哇~~~~
玻璃眼
8楼2009-04-13 17:09:06
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benben123

金虫 (小有名气)


wuli8(金币+1,VIP+0):3ks!(*^__^*) …… 4-13 22:07
我建议你用MS中的DMOL3来优化结构,MS中就她最快了。加油!祝你成功!
9楼2009-04-13 21:50:13
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benben123

金虫 (小有名气)

我建议你用MS中的DMOL3来优化结构,MS中就她最快了。加油!祝你成功!
10楼2009-04-13 21:52:11
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