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mercypang

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[求助] 请问基因测序中的RPKM值可以比较不同基因间的丰度吗？已有1人参与

请问基因测序中的RPKM值可以比较不同基因间的丰度吗？
比如，同一个试验中测了11中组织中的某些基因，可以用RPKM比较基因A在不同组织中的含量的多少及基因A与其他基因在同一个组织中的多少吗？
谢谢

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1楼 2018-10-15 03:20:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

drwhoknowss

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【答案】应助回帖

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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2018-10-15 07:50:16

1. 基因A在不同组织中的含量的多少. 这个没问题，基本是RNA-seq之类试验的标准答案。
2. 基因A与其他基因在同一个组织中的多少。这个智者见智，仁者见仁。每个基因功能不同，调控不同，需要的量不同，风牛马不相及。我的看法是比较起来没有意义。英文的表达是：You can't compare apple to orange.

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner

2楼2018-10-15 03:34:08