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goalry

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助完毕】

请教一下分子动力学中的控温和控压的几种算法,他们的原理是什么?

1. 控温的:速度标定(velocity re-scaling algorithm )方法
2. 调压方法:Andersen's algorithm 和体积标定(volume rescaling algorithm )。

谁有以上三中方法的资料介绍,非常感谢能共享一下!!

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-22 at 13:19 ]
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君子以自强不息,厚德载物
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superdirac

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
goalry(金币+5,VIP+0):谢谢!! 4-9 22:20
goalry(金币+1,VIP+0):谢谢参与! 4-9 22:34
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 4-20 18:55
temperature control

  1)velocity re-scaling algorithm
    这种方法很不好! 现在几乎不用了!
 一般用nose-hoover ,andersion
      2)nose-hoover thermost:
            molecualr physics 1984,vol.52.No,2.255-268;A molecular dynamics method for simulations in the canonical ensemble
      3)anderson thermost
   这三种方法都可以在 
  understanding molecular simulation _ from algorithms to application
         frenkel and smit  P:        139页找到!

pressure control

1)langevin
”Constant pressure molecular dynamics algorithms”, J. Chem. Phys 101(5), 1994,

piston fluctuation controlimplemented using Langevin dynamics as in SE Feller, Y Zhang, RW Pastor and BR Brooks,

”Constant pressure molecular dynamics simulation: The Langevin piston method”, J. Chem. Phys.103(11), 1995.
2) volume rescaling methods !我觉得和 nose-hoover 压力浴时一致的
3) anderson   methoud (week coupling method) 也anderson 热浴原理一致. 在那本书给出的参考文献列表里应该有.



其实,温度和压力控制的原理几乎一直,只是控制的物理量不一致.

[ Last edited by superdirac on 2009-4-8 at 22:28 ]
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
2楼2009-04-08 22:18:27
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

温度控制。

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
goalry(金币+5,VIP+0):谢谢!! 4-9 22:22
goalry(金币+1,VIP+0):谢谢参与! 4-9 22:34
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 4-20 18:56
一般都是用thermostat来控制温度,楼上说的对,NS热浴,和Brendsen热于都可以,后者更好点。但是现在流行的是一个Langevin热于+MD势函数,还可以用LA热于,不过各有各的长处,我倾向用Langevin热于,呵呵,具体可以参考DPD方法。

完毕
3楼2009-04-08 23:00:02
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