[求助] 根据序列设计完引物，跑完胶测序一对比不完全吻合怎么办已有3人参与

» 猜你喜欢

篮球与科研都很重要~

1楼2018-09-25 21:35:57

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

2楼: Originally posted by 暖心calmyz at 2018-09-25 23:33:57
引物这么短啊

是要长一点吗大概多长新手不是太懂

篮球与科研都很重要~

3楼2018-09-26 09:57:14

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

4楼: Originally posted by linhaobua at 2018-09-26 13:57:34
引物这个长短也是可以的，方便的话咱们qq联系吧，53084526.有一些细节要沟通，才能解决问题...

好的谢谢

篮球与科研都很重要~

5楼2018-09-26 14:48:59

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

6楼: Originally posted by xipha at 2018-09-26 17:38:05
不一样的原因有两种，一个是你提取的组织基因就是和NCBI上的不一样，你把你的序列去blast看看。另一个是你的聚合酶和反应体系不对，导致不保真。这个可以在网上搜搜PCR扩增注意事项。

我做的是细菌的在ncbi上面可以找到该细菌的该序列应该差别不会这么大的然后片段只有1100bp 应该不需要太保真吧

篮球与科研都很重要~

7楼2018-09-27 10:37:32

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

8楼: Originally posted by zw破风 at 2018-09-27 11:05:03
你这个引物设计的就不对吧

怎么说？求教

篮球与科研都很重要~

10楼2018-09-27 16:25:02

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

9楼: Originally posted by xipha at 2018-09-27 14:17:45
如果序列应当一致，扩增体系也没问题，片段又小，你看看会不会扩到细菌基因上的其他同源基因。比如同一家族的不同蛋白，会有一个保守区域，然后其它都差别很大。...

我这两边基本上一直就是中间差别大是这个原因嘛

篮球与科研都很重要~

11楼2018-09-27 16:37:18

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

13楼: Originally posted by 守望者047 at 2018-09-28 01:03:42
你把引物用ncbi的primer blast工具测一下，看都能拉到哪些片段，对应的引物去primer bank里面看看有没有圣者遗物

圣者遗物是啥？

篮球与科研都很重要~

14楼2018-09-29 09:19:44

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

15楼: Originally posted by 守望者047 at 2018-09-29 10:05:11
就是genenbank里之前有人用过的，验证好用的引物。前辈就是圣者，圣者羽化飞升之前用过的工具就是圣者遗物，祝科研顺利！...

好的谢谢我去看看

发自小木虫IOS客户端

篮球与科研都很重要~

16楼2018-09-29 10:08:07

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

12楼: Originally posted by xipha at 2018-09-28 00:36:43
flagellin 家族蛋白的保守区域正好是在两边的，你可以自己去blast看看。...

但是我这序列之前是按照名字搜索的序列也可能是那种情况吗？

篮球与科研都很重要~

17楼2018-09-29 10:16:41

xydlengyue

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1228.4
散金: 120
帖子: 395
在线: 38.7小时
虫号: 6970639
注册: 2017-07-20
性别: GG
专业: 临床兽医学

引用回帖:

18楼: Originally posted by xipha at 2018-09-29 10:26:25
这个你怎么搜的，这个名字下的保不保守，我就不清楚了。其实你可以问一下你们实验室的人，他们应该知道。...

就是老师说要敲除某个序列在其他菌上面敲除过但是这个菌没有按名字搜到的序列不过有两个但是通过两个序列设计引物跑出来的序列和设计引物的原序列同源性都只有85左右

发自小木虫IOS客户端

篮球与科研都很重要~

19楼2018-09-29 11:16:07