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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs并行安装
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glai8818

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】gromacs并行安装

请问cygwin下安装GROMACS可以并行吗 ？还是必须在 linux下才可以安装，安装过的请说说，谢谢！

[ Last edited by aylayl08 on 2009-11-13 at 21:43 ]
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.....
1楼 2009-04-08 15:24:50
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-9 07:49
cygwin模拟linux环境，应该没有问题
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-04-08 19:59:37
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glai8818

木虫 (著名写手)
谢谢，我这就去试，这里人气不够旺啊
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.....
3楼2009-04-08 23:02:18
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guolu

求助

你好 大侠 我按照下述方法安装 FFTW，安装方法如下：
#cd fftw-3.1.2

#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3  --enable-mpi --enable-float

#make
#make install

然后安装gromacs
#cd gromacs-3.3.3
#export CPPFLAGS=-I/path(你上面安装fftw的路径)/fftw3/include
#export LDFLAGS=-L/path(你上面安装fftw的路径)//fftw3/lib

#./configure --prefix=/path（gromacs的安装路径）/gromacs3  --enable-mpi  --without-x --with-fft=fftw3
#make
#make install



在我安装FFTW没有异常 但在安装gromacs时 在make这一步出了错误 错误提示
checking dependency style of cc... gcc3
checking for mpxlc... no
checking for mpicc... no
checking for mpcc... no
checking for hcc... no
checking whether the MPI cc command works... configure: error: Cannot compile and link MPI code with cc


请大侠指点一下啊  多谢了 在线等！！！！
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4楼2009-04-10 23:32:41
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ymsnje2001

新虫 (初入文坛)

新手

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
最近在学习中，什么也不懂，看了一下，脑子里一团浆糊
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5楼2009-07-21 17:22:15
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utility

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-11 10:03
引用回帖:
Originally posted by guolu at 2009-4-10 23:32:
你好 大侠 我按照下述方法安装 FFTW，安装方法如下：
#cd fftw-3.1.2

#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3  --enable-mpi --enable-float

#make
#make install

然后 ...

应该是没装并行编译器,或者是没有指对mpi的路径
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6楼2009-11-11 00:37:28
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-11 19:13
引用回帖:
Originally posted by guolu at 2009-4-10 23:32:
你好 大侠 我按照下述方法安装 FFTW，安装方法如下：
#cd fftw-3.1.2

#./configure CC=gcc CXX=g++ FC=f77 --prefix=path(你的安装路径)/fftw3  --enable-mpi --enable-float

#make
#make install

然后 ...

fftw是傅立叶变换的库，还需要安装并行的库，才能装并行的gromacs，否则不能同--enable-mpi编译！
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分子模拟的主页http://varmilion.tk/
7楼2009-11-11 18:56:48
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