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lorna639

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】请问分子的氢键长度长度如何计算啊

请问分子中的氢键长度怎么计算啊,实验上已经得出某个化合物内有氢键,并且已测出氢键长度,我用B3LYP/6-31G**方法对这个化合物进行优化和频率计算,然后发现我得到的结果和实验结果差得非常多,人家实验值是2点多,我得到的结果是4点多,还有的氢键实验结果是2.5多,我得到的结果却是9.8多,这是怎么回事啊,请各位帮忙了!多谢
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
计算的方法和基组的选择都会对构型优化有影响,因此要选可靠的方法和基组
2楼2009-04-07 15:56:22
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lorna639

木虫 (著名写手)

那一般要选择什么方法和基组呢?
3楼2009-04-07 16:00:58
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cysqxr

木虫 (小有名气)

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
我觉得你的优化可能出现了问题,没有找到很好的构象,所以与实验差别很大。如果有晶体结构的话,拿它做优化最好。你用的方法和基组也还算可以。
4楼2009-04-07 17:07:45
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lorna639

木虫 (著名写手)

我对这个化合物进行了几何优化和频率分析,没有发现虚频,这应该说明分子构型最稳定呀,你所说的好的构想指的是什么呀?多谢指教~
5楼2009-04-07 18:37:27
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cysqxr

木虫 (小有名气)

一个分子可以有几个稳定的构象,每个都可以是个局部最低点,最好的构象一般是全局最低点。所以你找到的那个结构未必是最优构象。继续努力吧。
6楼2009-04-07 18:52:46
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lorna639

木虫 (著名写手)

那请问怎么找全局最低点呢,我是初学者,能否指导一下?多谢赐教!

[ Last edited by yuhuobuku on 2009-4-8 at 09:03 ]
7楼2009-04-07 19:20:33
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lorna639 at 2009-4-7 19:20:
那请问怎么找全局最低点呢,我是初学者,能否指导一下?多谢赐教!

[ Last edited by yuhuobuku on 2009-4-8 at 09:03 ]

看看说明书
最稳定结构,保证没需频,最好四个收敛标准都满足
另外你的方法精度是否够用,也会有误差的
但是一般误差没你那么大,你的太大了
可能还是构型有问题吧
至于方法和基组如果你不知道选择什么就看文献一般都用什么
找最近的文献看
薄酒可以忘忧,丑妻可以白头,徐行不必驷马,称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
8楼2009-04-08 09:03:44
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zhou2009

版主 (著名写手)

单位?

通常实验氢键长单位为“埃”,而GS会将单位换算成“波尔”进行计算和输出,
1波尔=0.5292埃
9楼2009-04-08 09:15:22
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lorna639

木虫 (著名写手)

我看文献了,好像一般用MP2,但是我的分子比较大,我用MP2方法试了试,算不了。另外我看有的文章也有用B3LYP的
10楼2009-04-08 09:15:58
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